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文建凡  研究员
真核细胞进化基因组学学科组
职  务: 遗传资源与进化国家重点实验室副主任,中科院昆明动物所工会主席
学  历: 博士
电  话: +86 871 65198682
传  真: +86 871 65198682
电子邮件: wenjf@mail.kiz.ac.cn
通讯地址: 云南省昆明市教场东路32号 中国科学院昆明动物研究所    650223
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  简  历

  现为中科院昆明动物研究所研究员、博士生导师,学科带头人,国家重点实验室副主任 

  1996. 7于中科院昆明动物研究所获动物学博士。1989. 7于中科院昆明动物研究所获细胞生物学硕士。1986. 7 于湖南师范大学生物系获理学学士。 

  主要在分子和细胞两个层次上研究真核细胞的结构、功能机制和基因、基因组以及它们在不同进化地位生物(特别是低等单细胞生物类)中的多样性及其进化形成的机制, 旨在从进化的视角阐明真核细胞(尤其是高等真核细胞)为什么具有如此这般的精细结构和精妙的功能活动机制,它们是怎样进化发展的,其进化的动力和机制规律是什么,以及真核细胞的进化如何为后续的生物多样性和复杂性的形成和大发展奠定基础的。以期达到对真核细胞本身乃至由其所构建的真核生物的认识从“知其然”深化到“知其所以然”的境界。基于上述基础研究的积累,近年来还从比较和进化基因组学的角度开展适应性进化的研究,以发掘有害生物(如“水华”蓝藻、恶性寄生虫如血吸虫等)的特异性防治靶标和开发利用高效、特殊的生物代谢途径(如藻类的非光合生长途径等)。已主持包括科技部973项目课题、国家自然科学基金重大研究计划项目、国家自然科学基金重点项目、国家自然科学基金面上项目、中科院重要方向项目、中科院重点部署项目和云南省重点项目等在内的科研项目20余项,参加10项。在包括“Genome. Biol. Evol.”“Mol. Biol. Evol.”、“BMC Evol. Biol.”、 “Biol. Cell”、“Gene” 、“J. Eukaryot. Biol.”、“Phycologia”、“Cell Res.”、“PLoS ONE”等SCI刊物在内的国内外核心刊物上发表论著60余篇。有3项研究成果获得省部级科技成果奖。迄今已招收培养硕士研究生17人,博士生17人。 

  研究方向

真核细胞的进化基因组学   旨在从分子和细胞两个层次上探讨真核细胞的结构、功能和基因、基因组在不同进化地位生物中的多样性及其进化形成的规律和机制。主要以一系列处在关键进化地位的单细胞生物(如贾第虫、眼虫类、衣藻及领鞭毛虫等)为研究对象,向前追溯到原核生物,向后扩展到多细胞生物,开展如下方面的研究:1)真核细胞的重要结构(如核骨架、核纤层、染色质和核仁等)的多样性与进化;2)真核细胞重要功能活动机制(如细胞核分裂、蛋白质定向转运系统、糖酵解、卡尔文循环及脂类代谢等途径等)的多样性与进化;3)与前二者相关的重要基因、基因家族、功能途径基因群和亚基因组(如核仁基因组)的多样性与进化问题; 4)从比较与进化基因组学的角度开展生物的特殊适应性进化研究,以发掘有害生物(如“水华”蓝藻、恶性寄生虫如血吸虫等)的特异性防治靶标和开发利用高效、特殊的生物代谢途径。

  承担科研项目

1.云南省基金重点项目(2013FA019):血吸虫适应性进化与疫苗防治靶标的发掘;主持  

2. 中国科学院重点部署项目(KSZD-EW-Z-011):青藏高原物种形成分化与适应机制 参加  

3. 国家基金委面上项目(81271869);血吸虫消化酶系和能量代谢途径的寄生适应性进化与防治靶标的发掘 主持  

4. 国家基金委优秀重点实验室项目(31123005);适应性进化的分子机制研究 参加  

5. 国家基金委面上项目(31172081);几种寄生原生动物能量代谢途径适应性进化的基因组学研究 主持  

6. 院创新知识重要方向项目(KSCXZ-EW-J-23);人和动物适应性进化的全基因组分子机制 参加  

7. 科技部973项目课题(2007CB815705) “基因和基因家族/群功能的选择和进化” 主持  

8. 国家基金委重点项目(30830018) “极原始的原生动物--贾第虫的核仁功能基因组与核仁的起源进化探讨” 主持 

9. 云南省应用基础研究计划重点项目(2006C0014Z) “血吸虫防治的分子生物学研究” 主持 

  专家类别
西部之光;享受政府特殊津贴专家;研究员;省中青年学术和技术带头人
  社会任职
中国细胞生物学学会理事,中国原生动物学会理事,云南省细胞生物学会理事长民盟中央委员,民盟云南省省委委员,云南省政协委员
  获奖及荣誉

1)2006年,“核骨架与核纤层的起源进化研究”获“云南省自然科学奖”(二等奖);
2)2000年,“中国蓝氏贾第虫虫株分离培养、基因型及其细胞核研究”获“北京市科学技术进步奖”(二等奖);
3)2000年,第二届“云南省青年科技奖”(共10名)
4)1999年,“涡鞭毛虫(甲藻)及其进化地位的研究”获“云南省自然科学奖”(二等奖);

  代表论著

1. Feng JM, Tian HF, Wen JF*. Origin and Evolution of the Eukaryotic SSU Processome Revealed by a Comprehensive Genomic Analysis and Implications for the Origin of the Nucleolus. 2013. Genome Biol Evol, 5(12):2255-67. 

2. Zhang YJ, Yang CL, Hao YJ, Li Y, Chen B*, Wen JF*. Macroevolutionary trends of atomic composition and related functional group proportion in eukaryotic and prokaryotic proteins. 2013. Gene, S0378-1119(13)01510-2 . 

3. Xiong J, Lu YM, Feng JM, ..., Miao W*. Tetrahymena Functional Genomics Database (TetraFGD): an integrated resource for Tetrahymena functional genomics. DATABASE-OXFORD. 2013. doi: 10.1093/database/bat008.  

4. Xu J, Cheng YQ, Chen B, …, Wen JF, …. Depression in systemic lupus erythematosus patients is associated with link-polymorphism but not methylation status of the 5HTT promoter region. 2013. Lupus. 22(10):1001-10.  

5. Gao S, Xiong J, …, Wen JF, …, Miao W, and Liu YF. Impaired replication elongation in Tetrahymena mutants deficient in histone H3 Lys 27 monomethylation. 2013. Genes Dev. 27(15):1662-79. 

6. Sun GL, Yang YF, Xie FL, Wen JF, …. Deep Sequencing Reveals Transcriptome Re-Programming of Taxus × media Cells to the Elicitation with Methyl Jasmonate. 2013. PLoS ONE, 8(4):e62865. 

7Jiang YH, Wang DY, Wen JF*.  The independent prokaryotic origins of eukaryotic fructose-1 6-bisphosphatase and sedoheptulose-1 7-bisphosphatase and the implications of their origins for the evolution of eukaryotic Calvin cycle. 2012. BMC Evol. Biol. 12:208 

8Ni T, Yue JP, Sun GL, Zou Y, Wen JF*, Hang JL*.  Ancient gene transfer from algae to animals: Mechanisms and evolutionary significance. 2012 BMC Evol. Biol..12:83 

9Feng JM, Sun J, Xin DD, Wen JF*, Comparative Analysis of the 5S rRNA and Its Associated Proteins Reveals Unique Primitive Rather Than Parasitic Feature in Graidia lamblia. 2012.  PLoS ONE. 7(6):e36978 

10Tian HF, Feng JM, Wen JF*,  The evolution of cardiolipin biosynthesis and maturation pathways and its implications to the evolution for eukaryotes. 2012 BMC Evol. Biol..12:32 

11Lin XD, Guo WP, Wang W, Zou Y, Hao ZY, Zhou DJ, Dong X, Qu YG, Li MH,. Tian HF, Wen JF, Alexander Plyusnin, Xu JG, Zhang YZ*.  Migration of Norway Rats Resulted in the Worldwide Distribution of Seoul Hantavirus Today. 2012. J VIROL. 86(2):972 

12Chen B,Wen JF *,  The adaptive evolution divergence of triosephosphate isomerases between parasitic and free-living flatworms and the discovery of a potential universal target against flatworm parasites. 2011 Parasitol. Res., 109(2):283-9 

13Sun J, Jiang HF, Flores R., Wen JF.*, Gene duplication in the genome of parasitic Giardia lamblia. 2010 BMC Evol. Biol..10:49 

14Zhang YJ, Tian HF, Wen JF.* The evolution of YidC/Oxa/Alb3 family in the three domains of life: a phylogenomic analysis. 2009 BMC Evol. Biol.. 9:137 

15Zhang YQ, Chen DL, Tian HF, Zhang BH, Wen JF*  Genome-wide computational identification of microRNAs and their targets in the deep-branching eukaryote Giardia lamblia. 2009 Comput Biol Chem..33(5):391-6. 

16Sun GL., Shen W. and Wen JF.*, Triosephosphate isomerase (TIM) genes in two trophic modes of euglenoids (Euglenophyceae) and their phylogenetic analysis. 2008. J. Eukaryot. Microbiol. 55 (3): 170-177. 

17.Feng JM, Sun J, Wen JF.* Advances in the study of the nucleolus. 2012. Zoological Research. 33(6):549-556 

18. Zhang YJ, Wen JF.* YidC/Oxa/Alb3 Protein family. 2012. Chemistry of Life32(4) 

19. Xie GQ, Chen B, Wen JF.* Research Progress on the Mechanisms of Immune Evasion of Parasitic Flatworms such as Schistosoma. 2013. Acta Parasitol. Med.Entomol.Sin 22(3):194-201.   

  研究团队

工作人员: 

  兵,助理研究员,chenbing@mail.kiz.ac.cn 

邵静茹,助理实验师,shaojr@mail.kiz.ac.cn 

研究生: 

叶青青, 2010;李毓劲,2011;谢钢琴,2011;王文敏,2011;姚友旭,2012;黄海波,2013;薛  敏,2013 

    

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