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张晓明  
古分子生物学学科组
职  务:
学  历: 博士
电  话: 0871-65120202
传  真:
电子邮件: zhangxiaoming@mail.kiz.ac.cn
通讯地址: 云南省昆明市龙欣路17号,中国科学院昆明动物研究所    650201
其他主页: http://people.ucas.ac.cn/~0054181
  简  历

张晓明 (民族:哈尼族),博士,研究员,云南省高层次人才培养计划青年拔尖人才,中国科学院优秀博士和优秀毕业生,曾获中国科学院院长奖优秀奖和云南省优秀博士论文奖,致力于东亚人群的起源与迁徙历史和适应性进化的分子机制研究;从线粒体DNAY-DNA到全基因组分析,从生物信息学大数据挖掘到模式动物和细胞功能验证,再到现生人群和史前人类(古DNA)的时空研究方法,探讨东亚地区人类的群体历史及其环境适应的分子机制,从遗传学、古人类学/考古学、古气候学和地理学等交叉科学的视角,揭示东亚早期人类的复杂表型背后的分子机制和群体历史及其与环境适应的关系。目前以第一作者或通讯作者身份在Nature Communications》、《PNAS》、《National Science ReviewMolecular Biology and Evolution等国际知名SCI杂志上发表研究论文10余篇。

 

Education and Research Experiences

教育和研究背景

2021.09-至今: Professor, Comparative Genomic Group, State Key Lab of Genetic Resource and Evolution, Kunming Institute of Zoology, Chinese Academy of Sciences.

中国科学院昆明动物研究所,研究员(四级),遗传资源与进化国家重点实验室,中国科学院昆明动物研究所。

2018.01-2021.08: Associate ProfessorComparative Genomic Group, State Key Lab of Genetic Resource and Evolution, Kunming Institute of Zoology, Chinese Academy of Sciences.

副研究员(二级),比较基因组学,遗传资源与进化国家重点实验室,中国科学院昆明动物研究所。

 

2015.10-2017.12: Associate ProfessorComparative Genomic Group, State Key Lab of Genetic Resource and Evolution, Kunming Institute of Zoology, Chinese Academy of Sciences.

副研究员(三级,破格),比较基因组学,遗传资源与进化国家重点实验室,中国科学院昆明动物研究所。

 

2014.07-2015.09: Research Associate, Comparative Genomic Group, State Key Lab of Genetic Resource and Evolution, Kunming Institute of Zoology, Chinese Academy of Sciences.

助理研究员,比较基因组学,遗传资源与进化国家重点实验室,中国科学院昆明动物研究所。

 

2010.07-2011.08: Research Assistant, Comparative Genomic Group, State Key Lab of Genetic Resource and Evolution, Kunming Institute of Zoology, Chinese Academy of Sciences.

                              研究实习员,比较基因组学,遗传资源与进化国家重点实验室,中国科学院昆明动物研究所。

 

2011.09-2014.06: Ph. D. (Genetics), Kunming Institute of Zoology, Chinese Academy of Sciences.

                        博士学位(遗传学),中国科学院昆明动物研究所。

 

2007.09-2010.06: Master (Genetics), Department of Animal Science & Technology, Northwest Agriculture & Forestry University.

                       硕士学位 (遗传学),西北农林科技大学动物科技学院。

 

2003.09-2007.06: Bachelor (Major: Animal Sciences), Department of Animal Science & Technology, Northwest Agriculture & Forestry University.

                        学士学位 (动物科学),西北农林科技大学动物科技学院

  研究方向

基于古老基因组的人类遗传多样性研究。古代DNAaDNA)研究是近年来在国内外新兴发展起来的热门领域之一,有着活跃的生命力和广阔的应用前景。这一技术给古老基因组研究带来了革命性的变化,使得从时空上重构史前人类历史并与现代群体基因组比较成为了可能。在东亚地区分布有非常丰富的史前人类考古遗址的背景下,目前,我的重点研究领域是以古DNA为手段,揭示东亚(包括东南亚)地区考古遗址中早期人类的遗传多样性,依托于现代人群基因组大数据和自己在该方向上近十年的研究积累,探讨人类在该地区早期的定居、迁徙、文化交流和遗传多样性格局形成的过程,以及在该过程中人类适应不同地理生态环境的遗传机制。

结合古代群体和现生群体的大型哺乳动物群体历史和生物地理学研究。考古遗址中分布有非常丰富的,与当时的人类伴生的各种史前动物遗骸。以大学和硕士阶段动物遗传学研究的背景为基础,目前,结合考古遗址中动物遗骸的古DNA研究,我的一些课题致力于探讨史前大型哺乳动物群体与现生群体的遗传关系,从而解析这些动物的遗传多样性动态变化的历史,揭示从古至今这些大型哺乳动物的大尺度地理时空分布、史前迁徙和物种间遗传交流和混合的历史,及其与古气候、古生态环境和早期人类活动的相互关系。

  承担科研项目

1.   国家自然科学基金,面上项目:东南亚土著人群的源流历史与特征表型适应性进化的遗传学研究318712582019-012022-1260.0万元,主持;

2.    “云南省万人计划-‘青年拔尖人才”项目:华南地区新-旧石器时代过渡阶段人类基因组遗传多样性的古DNA研究YNWR-QNBJ-2019-160, 2020.012024.1250.0万元,主持;

3.    国家自然科学基金,青年基金项目:青藏高原史前人类高原适应的遗传机理和迁徙与定居历史的古DNA研究316010182017-012019-1221.0万元,主持;

4.  中国科学院“西部之光”博士项目, 2014-072017-1220.0万元,主持;

5.  国家自然科学基金,国际(地区)合作重点项目:史前人类对青藏高原北部高寒缺氧环境的适应过程和模式研究,416201040072017-012021-12260.0万元,科研骨干。

  专家类别
研究员
  社会任职
  获奖及荣誉

2019 Yunnan provincial ten thousand people plan "youth top talent"

云南省“万人计划”青年拔尖人才

 

2016 Yunnan provincial excellent doctoral thesis

         云南省优秀博士论文奖

 

2014 The Excellence Award of the Chinese Academy of Sciences, China.

         中国科学院院长奖优秀奖

 

2014 Outstanding graduates of the Chinese Academy of Sciences, China.

         中国科学院优秀博士毕业生

 

2014 Pacesetter to Merit Student, Chinese Academy of Sciences, China.

         中国科学院“三好学生”标兵

 

2013 National Scholarship for Ph. D student, Ministry of Education, China.

         中国教育部国家奖学金(博士)

 

  代表论著

代表论著 (#共同第一作者; *通讯作者)

1)      Xiaoming Zhang#, Qi Liu#, Hui Zhang#, Shilei Zhao#, Jiahui Huang, Tuot Sovannary, Long Bunnath, Hong Seang Aun, Ham Samnom, Bing Su*, Hua Chen*. The distinct morphological phenotypes of Southeast Asian aborigines are shaped by novel mechanisms for adaptation to tropical rainforest. National Science Review, nwab072 (2021) (Impact Factor: 16.693) (东南亚土著人群的特征表型由热带环境适应的新遗传机制所编译)

2)      Ningbo Chen#, Lele Ren#, Linyao Du#, Jiawen Hou#, Victoria E. Mullin, Duo Wu, Xueye Zhao, Chunmei Li, Jiahui Huang, Xuebin Qi, Marco Rosario Capodiferro, Alessandro Achilli, Chuzhao Lei, Fahu Chen, Bing Su*, Guanghui Dong* and Xiaoming Zhang*. Ancient genomic DNA evidence reveals the presence of tropical bovid species in northeastern Tibetan Plateau contributed to the prevalence of hunting games until the late Neolithic. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (PNAS), 117 (45):28150-28159 (2020) (Impact Factor: 10.620) (古代基因组证据揭示热带牛科动物在青藏高原东北部的栖息对人类的狩猎行为盛行到新石器时代晚期有重要的贡献) (作为交叉学科合作研究并取得重要发现的范例,该成果发表后受到了多个领域和公众的广泛关注,相继被CCTV新闻频道(科技新闻)、中科院官网、新华社国际网、美国科学促进会(AAAS)、科普中国、科学网、中新网和科技日报等20多个主流媒体和宣传平台报道。)

3)      Zhang XM#, Qi XB#, Yang ZH#, Serey, B Sovannary, T Bunnath, L, H Seang Aun, H Samnom, Zhang H, Lin Q, M Van Oven, Shi H*. & Su B*. Analysis of Mitochondrial Genome Diversity Identifies New and Ancient Maternal Lineages in Cambodian Aborigines. Nat Commun 4, 2599, (2013). (Impact Factor: 10.20) (柬埔寨土著人群的线粒体基因组分析发现新而古老的人类母系世系)

4)      Xiaoming Zhang#, Chunmei Li#; Yanan Zhou#, Jiahui Huang, Tengsong Yu, Xu Liu, Hong Shi, Hong Liu, Stephen Chia, Shenmin Huang, Yaozheng Guo, Rasmi Shoocongdej*, Xueping Ji* and Bing Su*; A Matrilineal Genetic Perspective of Hanging Coffin Custom in Southern China and Northern Thailand, iScience, 23, 101032, (2020).(Impact Factor: 5.458) (母系遗传视角下的中国南方和泰国北部悬棺葬习俗研究)(该成果发表后受到了社会公众的广泛关注,被CCTV-13&CCTV4频道(长视频报道)、中新网、新华网、学习强国平台和环球网等30多个主流媒体报道。该论文入选了细胞出版社(Cell Press)交叉科学领域“ 2020 中国年度论文”,还被iScience杂志于2021年列为杂志创刊以来最具影响力的Top10研究成果之一(位列第七)。)

5)      Zhang XM#, Liao SY#, Qi XB#, Liu JW, Kampuansai J, Zhang H, Yang Z, Serey B, Sovannary T, Bunnath L, Seang Aun H, Samnom H, Kangwanpong D, Shi H*, Su B* 2015. Y-chromosome diversity suggests southern origin and Paleolithic backwave migration of Austro-Asiatic speakers from eastern Asia to the Indian subcontinent. Sci Rep 5: 15486. doi: 10.1038/srep15486 (Impact Factor: 5.597) Y-染色体遗传多样性研究揭示南亚语系人群的南方起源及其在旧石器时代从东亚到印度次大陆的迁徙)

6)      Qi XB#, Cui CY#, Peng Y#, Zhang XM#, Yang ZH, Zhong H, Zhang H, Xiang K, Cao XY, Wang Y, Ouzhuluobu, Basang, Ciwangsangbu, Bianba, Gonggalanzi, Wu TY, Chen H, Shi H*. & Su B*. Genetic Evidence of Paleolithic Colonization and Neolithic Expansion of Modern Humans on the Tibetan Plateau. Mol. Biol. Evol. 30, 1761-1778, (2013). (Co-First author) (Impact Factor: 9.857) )(遗传学证据揭示人类在旧石器时代定居和新石器时代扩张到青藏高原的历史)

7)      Yang, Zhaohui#; Zhong, Hua#; Chen, Jing#; Zhang, Xiaoming#; Zhang, Hui; Luo, Xin; Xu, Shuhua; Chen, Hua; Lu, Dongsheng; Han, Yinglun; Li, Jinkun; Fu, Lijie; Qi, Xuebin; Peng, Yi; Xiang, Kun; Lin, Qiang; Guo, Yan; Li, Ming; Cao, Xiangyu; Zhang, Yanfeng; Liao, Shiyu; Peng, Yingmei; Zhang, Lin; Guo, Xiaosen; Dong, Shanshan; Liang, Fan; Wang, Jun; Willden, Andrew; Aun, Hong Seang; Serey, Bun; Sovannary, Tuot; Bunnath, Long; Samnom, Ham; Mardon, Graeme; Li, Qingwei; Meng, Anming*; Shi, Hong*; Su, Bing*; A Genetic Mechanism for Convergent Skin Lightening during Recent Human Evolution, Mol. Biol. Evol. 33(5), 1177-1187. (2016 ) (Impact Factor: 9.857) (人类近期进化历史中肤色变浅的遗传学机制)

8)      Zhang XM#, Jatupol K#, Qi XB#, Yan S, Yang ZH, Bun S, Tuot S, Long B, Hong SA, Ham S, Luo X, Liao SY, Daoroong K, Jin L, Shi H*. & Su B*. An updated phylogeny of the human Y-chromosome lineage O2a-M95 with novel SNPs. Plos One 9 e101020, (2014). (Impact Factor: 4.015) (基于新SNPs更新人类Y-染色体父系世系O2a-M95的系统发生树)

9)      Sushil Bhandari#, Xiaoming Zhang#, Chaoying Cui#, Bianba, Shiyu Liao, Yi Peng, Hui Zhang, Kun Xiang, Hong Shi, Ouzhuluobu, Baimakongzhuo, Gonggalanzi, Shimin Liu, Gengdeng, Tianyi Wu, Xuebin Qi* & Bing Su* 2015.Genetic evidence of a recent Tibetan ancestry to Sherpas in the Himalayan region. Sci Rep 5: 16249. 10.1038/srep16249 (2015) (Co-First author) (Impact Factor: 5.597) (遗传学证据揭示喜马拉雅山地区夏尔巴人是晚期从藏族分化的人群)

10) Sushil Bhandari#, Xiaoming Zhang#, Chaoying Cui#, Yangla, Lan Liu, Ouzhuluobu, Baimakangzhuo, Gonggalanzi, Caijuan Bai, Bianba, Yi Peng, Hui Zhang, Kun Xiang, Hong Shi, Shiming Liu, Gengdeng, Tianyi Wu, Xuebin Qi* & Bing Su*.Sherpas share genetic variations with Tibetans for highaltitude adaptation. Molecular Genetics & Genomic Medicine. 5(1): 76–84, doi: 10.1002/mgg3.264 (2017) (Impact Factor: 2.742) (夏尔巴人与藏族共享高原适应的遗传变异)

11) Li R#, Zhang XM#, Campana MG, Huang JP, Chang ZH, Qi XB, Shi H, Su B, Zhang RF, Lan, XY, Chen H. & Lei CZ*. Paternal Origins of Chinese Cattle. Anim. Genet. 44, 446-449, (2013). (Co-First author) (Impact Factor: 2.524) (中国黄牛的父系起源历史)

12)  Xiang K#, Ouzhuluobu#, Peng Y#, Yang ZH, Zhang XM, Cui CY, Zhang H, Li M,   Zhang Y, Bianba, Gonggalanzi, Basang, Ciwangsangbu, Wu TY, Chen H, Shi H, Qi XB*. & Su B*. Identification of a Tibetan-Specific Mutation in the Hypoxic Gene EGLN1 and Its Contribution to High-Altitude Adaptation. Mol. Biol. Evol. 30, 1889-1898, (2013). (Impact Factor: 9.857) (藏族人群特异的低氧通路基因EGLN1的鉴定及其对人类高海拔适应的贡献)

  研究团队

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