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张晓明  副研究员
比较基因组学学科组
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  简  历

简历 

200707月获西北农林科技大学动物科学专业理学学士;201007月获西北农林科技大学遗传学理学硕士;201407月获中国科学院昆明动物研究所遗传学理学博士,被评为当年中国科学院优秀博士和优秀毕业生; 201407月起留所工作任助理研究员,201510月起任副研究员,主要从事东亚人群的起源、迁徙和混合历史以及适应性进化的分子机制研究;获得过中国科学院院长奖优秀奖和云南省优秀博士论文奖,入选了云南省“万人计划”青年拔尖人才(2019)。目前在PNASNature CommunicationsMolecular Biology and EvolutionScientific ReportsPlos One等杂志发表SCI研究论文10余篇。   

学习和工作经历 

2018.01-至今: 副研究员(二级),比较基因组学,遗传资源与进化国家重点实验室,中国科学院昆明动物研究所。   

2015.10-2017.12: 副研究员(三级,破格),比较基因组学,遗传资源与进化国家重点实验室,中国科学院昆明动物研究所。   

2014.07-2015.09: 助理研究员,比较基因组学,遗传资源与进化国家重点实验室,中国科学院昆明动物研究所。   

2010.07-2011.08: 研究实习员,比较基因组学,遗传资源与进化国家重点实验室,中国科学院昆明动物研究所。   

2011.09-2014.06: 博士学位(遗传学),中国科学院昆明动物研究所。   

2007.09-2010.06: 硕士学位(遗传学),西北农林科技大学动物科技学院。 

2003.09-2007.06: 学士学位(动物科学),西北农林科技大学动物科技学院。 

  研究方向

1.基于古老基因组的人类遗传多样性研究。古代DNAaDNA)研究是近年来在国内外新兴发展起来的热门领域之一,有着活跃的生命力和广阔的应用前景。这一技术给古老基因组研究带来了革命性的变化,极大地提升了人类对自身进化历史的认识。在东亚地区分布有非常丰富的史前人类考古遗址的背景下,目前,我的重点研究领域是以古DNA为手段,揭示东亚(包括东南亚)地区考古遗址中早期人类的遗传多样性,依托于现代人群基因组大数据和自己在该方向上近十年的研究积累,探讨人类在该地区早期的定居、迁徙、文化交流和遗传多样性格局形成的过程,以及在该过程中人类适应不同地理生态环境的遗传机制。 

2.结合古代群体和现生群体的大型哺乳动物群体历史和生物地理学研究。考古遗址中分布有非常丰富的,与当时的人类伴生的各种史前动物遗骸。目前,结合考古遗址中动物遗骸的古DNA研究,我的一些课题致力于探讨史前大型哺乳动物群体与现生群体的遗传关系,从而解析这些动物的遗传多样性动态变化的历史,揭示从古至今这些大型哺乳动物的大尺度地理时空分布、史前迁徙和物种间遗传交流和混合的历史,及其与古气候、古生态环境和早期人类活动的相互关系。
  承担科研项目

1..国家自然科学基金,面上项目:东南亚土著人群的源流历史与特征表型适应性进化的遗传学研究318712582019-012022-1260.0万元,主持; 

2.国家自然科学基金,青年基金项目:青藏高原史前人类高原适应的遗传机理和迁徙与定居历史的古DNA研究316010182017-012019-1221.0万元,主持; 已结题; 

3.中国科学院“西部之光”博士项目, 2014-072017-1220.0万元,主持; 已结题 

4.国家自然科学基金,国际(地区)合作重点项目:史前人类对青藏高原北部高寒缺氧环境的适应过程和模式研究,416201040072017-012021-12400.0万元,科研骨干。 

  专家类别
  社会任职
 
  获奖及荣誉

2019年“云南省万人计划”青年拔尖人才 

2016  云南省优秀博士论文奖 

2016  西藏自治区科学技术奖二等奖(第四完成人) 

2014  中国科学院院长奖优秀奖 

2014  中国科学院优秀博士毕业生 

  代表论著

1)Ningbo Chen#, Lele Ren#, Linyao Du#, Jiawen Hou#, Victoria E. Mullin, Duo Wu, Xueye Zhao, Chunmei Li, Jiahui Huang, Xuebin Qi, Marco Rosario Capodiferro, Alessandro Achilli, Chuzhao Lei, Fahu Chen, Bing Su*, Guanghui Dong* and Xiaoming Zhang*. Ancient genomic DNA evidence reveals the presence of tropical bovid species in northeastern Tibetan Plateau contributed to the prevalence of hunting games until the late Neolithic. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (PNAS) (2020)(作为交叉学科合作研究并取得重要发现的范例,该成果发表后受到了多个领域和公众的广泛关注,相继被CCTV新闻频道(科技新闻)、中科院官网、新华社国际网、美国科学促进会(AAAS)、科普中国、科学网、中新网和科技日报等20多个主流媒体和宣传平台报道。) 

2)Zhang XM#, Qi XB#, Yang ZH#, Serey, B Sovannary, T Bunnath, L, H Seang Aun, H Samnom, Zhang H, Lin Q, M Van Oven, Shi H*. & Su B*. Analysis of Mitochondrial Genome Diversity Identifies New and Ancient Maternal Lineages in Cambodian Aborigines. Nat Commun 4, 2599, (2013).  

3)Xiaoming Zhang#, Chunmei Li#; Yanan Zhou#, Jiahui Huang, Tengsong Yu, Xu Liu, Hong Shi, Hong Liu, Stephen Chia, Shenmin Huang, Yaozheng Guo, Rasmi Shoocongdej*, Xueping Ji* and Bing Su*; A Matrilineal Genetic Perspective of Hanging Coffin Custom in Southern China and Northern Thailand, iScience, 23, 101032, (2020).(该成果发表后受到了社会公众的广泛关注,被CCTV-13&CCTV4频道(长视频报道)、中新网、新华网、学习强国平台和环球网等30多个主流媒体报道) 

4)Zhang XM#, Liao SY#, Qi XB#, Liu JW, Kampuansai J, Zhang H, Yang Z, Serey B, Sovannary T, Bunnath L, Seang Aun H, Samnom H, Kangwanpong D, Shi H, Su B 2015. Y-chromosome diversity suggests southern origin and Paleolithic backwave migration of Austro-Asiatic speakers from eastern Asia to the Indian subcontinent. Sci Rep 5: 15486. doi: 10.1038/srep15486 

5)Qi XB#, Cui CY#, Peng Y#, Zhang XM#, Yang ZH, Zhong H, Zhang H, Xiang K, Cao XY, Wang Y, Ouzhuluobu, Basang, Ciwangsangbu, Bianba, Gonggalanzi, Wu TY, Chen H, Shi H*. & Su B*. Genetic Evidence of Paleolithic Colonization and Neolithic Expansion of Modern Humans on the Tibetan Plateau. Mol. Biol. Evol. 30, 1761-1778, (2013).  

6)Yang, Zhaohui#; Zhong, Hua#; Chen, Jing#; Zhang, Xiaoming#; Zhang, Hui; Luo, Xin; Xu, Shuhua; Chen, Hua; Lu, Dongsheng; Han, Yinglun; Li, Jinkun; Fu, Lijie; Qi, Xuebin; Peng, Yi; Xiang, Kun; Lin, Qiang; Guo, Yan; Li, Ming; Cao, Xiangyu; Zhang, Yanfeng; Liao, Shiyu; Peng, Yingmei; Zhang, Lin; Guo, Xiaosen; Dong, Shanshan; Liang, Fan; Wang, Jun; Willden, Andrew; Aun, Hong Seang; Serey, Bun; Sovannary, Tuot; Bunnath, Long; Samnom, Ham; Mardon, Graeme; Li, Qingwei; Meng, Anming*; Shi, Hong*; Su, Bing*; A Genetic Mechanism for Convergent Skin Lightening during Recent Human Evolution, Mol. Biol. Evol. 33(5), 1177-1187. (2016 )  

7)Zhang XM#, Jatupol K#, Qi XB#, Yan S, Yang ZH, Bun S, Tuot S, Long B, Hong SA, Ham S, Luo X, Liao SY, Daoroong K, Jin L, Shi H*. & Su B*. An updated phylogeny of the human Y-chromosome lineage O2a-M95 with novel SNPs. Plos One 9 e101020, (2014).  

8)Sushil Bhandari#, Xiaoming Zhang#, Chaoying Cui2#, Bianba, Shiyu Liao, Yi Peng, Hui Zhang, Kun Xiang, Hong Shi, Ouzhuluobu, Baimakongzhuo, Gonggalanzi, Shimin Liu, Gengdeng, Tianyi Wu, Xuebin Qi* & Bing Su* 2015.Genetic evidence of a recent Tibetan ancestry to Sherpas in the Himalayan region. Sci Rep 5: 16249. 10.1038/srep16249 (2015)  

9)Sushil Bhandari#, Xiaoming Zhang#, Chaoying Cui4#, Yangla, Lan Liu, Ouzhuluobu, Baimakangzhuo, Gonggalanzi, Caijuan Bai, Bianba, Yi Peng, Hui Zhang, Kun Xiang, Hong Shi, Shiming Liu, Gengdeng, Tianyi Wu, Xuebin Qi* & Bing Su*.Sherpas share genetic variations with Tibetans for highaltitude adaptation. Molecular Genetics & Genomic Medicine. 5(1): 76–84, doi: 10.1002/mgg3.264 (2017)  

10Li R#, Zhang XM#, Campana MG, Huang JP, Chang ZH, Qi XB, Shi H, Su B, Zhang RF, Lan, XY, Chen H. & Lei CZ*. Paternal Origins of Chinese Cattle. Anim. Genet. 44, 446-449, (2013).
  研究团队

 

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