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王文  研究员
进化基因组学与基因起源学科组
职  务:
学  历: 博士
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  简  历

中国科学院昆明动物所二级研究员。1989年毕业于武汉大学生物系,获学士学位。1992年在动物遗传学家施立明院士的指导下,于中国科学院昆明动物研究所获得硕士学位。199510-19966月在美国哥伦比亚大学作访问学者。1996年在施立明和吴鹤龄教授指导下,在中国科学院昆明动物研究所获得博士学位。19978月至20027月,于美国芝加哥大学生态与进化学系担任博士后暨研究助理。长期以来一直进行进化基因组学研究,有丰富的基因组大数据处理经验。目前已经在Science, Nature, Nature Genetics, Nature Biotechnology, Nature Communications, Nature Review Genetics, PNAS, Genome Research, Plant Cell, Genetics, Trends in Genetics, Genome Biology等重要学术杂志上发表多篇论文,其中第一和通讯(含共同通讯)作者SCI论文43篇,合作发表SCI论文30多篇。迄今论文被引用共计10000多次,H index46。并担任《中国科学·生命科学》编委。

  研究方向

在大数据和后基因组学时代,理解浩如烟海的基因组学数据、揭示重要表型特征的基因组和分子机制不仅是一个热门的话题,更是一个具有挑战性的科学课题。但最为重要的是,这些组学和实验技术的发展,为我们探寻自达尔文时代就提出的众多有趣、重要的生命现象的遗传和分子本质提供了前所未有的机会。本实验室侧重于在系统发育框架下,通过整合从宏观分类、多组学数据到实验验证等多层次数据,了解并探讨物种在进化历史过程中,重要表型特征进化的基因组基础和分子机制,最终希望以整合遗传、进化和发育的方式,了解遗传、表型形成和生物适应的关系。

在未来几年里,我们将主要以蝴蝶、发光昆虫等有重要表型特征的昆虫为研究对象,围绕物种系统发育和演化、基因组的进化机制、重要表型特征起源和进化等的遗传基础等进行研究,探讨昆虫的一些重要生命现象,试图在厘清昆虫系统发育关系的同时,解决重要的昆虫学的生物学问题。现阶段主要有以下研究方向:

1、以蝴蝶为例,整合多层次组学数据和实验数据,探讨蝴蝶表型特征多样性的演化。为了探讨形态多样性的遗传分子机制,自2010年开始,发展蝴蝶作为研究模式。我们在2015年完成所有蝴蝶模式种金凤蝶及其近缘种柑橘凤蝶两种凤蝶基因组,并以蝴蝶为例成功实现了野生昆虫基因编辑。在以蝴蝶作为研究模式的基础上,一方面继续以这两种生物为模式,通过基因编辑方法探讨基因对形态的影响,另一方面于2017年启动了蝴蝶系谱基因组计划,我们希望在一个大尺度的系统发育框架下,探讨蝴蝶重要表型特征的起源和进化,从而揭示蝴蝶多样性的遗传基础,并为蝴蝶在生态环境保护中的应用提供理论参考和实验基础。

2、以发光甲虫为例,开展发光甲虫的分类和系统发育研究,探讨生物荧光的起源与演化。我们自2002年开始以萤火虫等发光甲虫为研究对象,搭建和完善中国发光甲虫系统分类框、探讨萤火虫等发光甲虫的系统发育和演化,并在系统发育框下,整合多层次组学数据和实验数据,探讨发光甲虫及生物荧光起源与进化,我们旨在揭示生物荧光这一重要生命现象的遗传本质,同时也为萤火虫及其生物荧光的利用提供重要的理论基础和实践依据。

3、其它重要昆虫的研究。利用本实验室已搭建的现代昆虫学研究平台,我们也将对其它一些具有重要表型特征或重要价值的昆虫进化研究,通过对更多类群的探讨,揭示昆虫多样性及表型特征进化的遗传分子基础。

  承担科研项目
2017-2019年,国家基金委创新群体项目负责人,项目经费:600万元。
  专家类别
杰出青年;国家百千万人才工程专家;享受政府特殊津贴专家
  社会任职
中国昆虫学会理事,云南昆虫学会理事
  获奖及荣誉

2002年入选中科院昆明动物所马普青年科学家进化基因组学小组组长。

2003年获得国家杰出青年基金。

2004年“新世纪百千万人才工程国家级首批入选者”。

2007年和2012年作为首席科学家分别获得 “973”项目的支持。

2008年获得中科院王宽诚西部学者杰出贡献奖和“谈家桢生命科学创新奖”。2010年获得 “云南省自然科学一等奖”(第一完成人)。

2012年获得“国家自然科学二等奖”(第一完成人)。

2014年-2019年作为两个首席科学家之一获得一项中科院战略性先导专项(B类)。

2017年获得两项“云南省自然科学二等奖”(分别为第一完成人和第二完成人)。

2019年获得 “云南省自然科学一等奖”(第三完成人)。

  代表论著

代表性论文 (*通讯作者) 

 

1、    Chen L, Qiu Q, Jiang Y, Wang K, Lin ZH, Li ZP, Bibi F, Yang YZ, Wang JH, Nie WH, Su WT, Liu GC, Li QY, Fu WW, Pan XY, Liu C, Yang J, Zhang CZ, Yin Y, Wang Y, Zhao Y, Zhang C, Wang ZK, Qin YL, Liu W, Wang B, Ren YD, Zhang R, Zeng Y, Fonseca R.R, Wei B, Li R, Wan WT, Zhao RP, Zhu WB, Wang YT, Duan SC, Gao Y, Zhang Y, Chen CY, Hvilsom C, Epps C, Chemnick L, Dong Y, Mirarab S, Siegismund H, Ryder O, Gilbert M, Lewin H, Zhang GJ*, Heller R*, Wang W*. 2019. Large-scale ruminant genome sequencing provides insights into their evolution and distinct traits, Science, 364(6446), 2019. (Research Article) (DOI: 10.1126/science.aav6202).   

2、    Wang Y, Zhang CZ, Wang NN, Li ZP, Heller R, Liu R, Zhao Y, Han JG, Pan XY, Zheng ZQ, Dai XQ, Chen CS, Dou ML, Peng SJ, Chen XQ, Liu J, Li M, Wang K, Liu C, Lin ZS, Chen L, Hao F, Zhu WB, Song CC, Zhao C, Zheng CL, Wang JM, Hu SW, Li CY, Yang H, Jiang L, Li GY, Liu MJ, Sonstegard T, Zhang GJ, Jiang Y*, Wang W*, Qiu Q*. 2019. Genetic basis of ruminant headgear and rapid antler regeneration, Science, 364(6446), 2019. (Research Article) (DOI: 10.1126/science.aav6335).  

3、    Lin ZS, Chen L, Chen XQ, Zhong YB, Yang Y, Xia WH, Liu C, Zhu WB, Wang H, Yan BY, Yang YF, Liu X, Kvie K, R?ed K, Wang K, Xiao WH, Wei HJ, Li GY, Heller R, Gilbert M, Qiu Q*, Wang W*, Li ZP*. 2019. Biological adaptations in the Arctic cervid, the reindeer (Rangifer tarandus), Science, 364(6446), 2019. (Research Article) (DOI: 10.1126/science.aav6312).   

4、    Wang K, Shen Y, Yang Y, Gan X, Liu G, Hu K, Li Y, Gao Z, Zhu L, Yan G, He L, Shan X, Yang L, Lu S, Zeng H, Pan X, Liu C, Yuan Y, Feng C, Xu W, Zhu C, Xiao W, Dong Y, Wang W*, Qiu Q*, He S*. 2019. Morphology and genome of a snailfish from the Mariana Trench provide insights into deep-sea adaptation. Nature Ecology Evolution (2019). 3: 823–833    

5、    Liu GC#, Chang Z#, Chen L#, He JW#, Dong ZW, Yang J, Lu SH, Zhao RP, Wan WT, Zhang R, Wang W*, Li XY*. 2019. Genome size variation in butterflies (Insecta, Lepidotera, Papilionoidea): A thorough phylogenetic comparison. Systematic Entomology. In press.  

6、   Lu SH#, Yang J#, Dai XL#, Xie FA, He JW, Dong ZW, Mao JL, Liu GC, Chang Z, Zhao RP,  Wan WT, Zhang R, Wang W*, Li XY*. 2019. Chromosomal-level reference genome of Chinese peacock butterfly (Papilio bianor) based on third-generation DNA sequencing and Hi-C analysis. GigaScience. 8 (11): pii: giz128. (doi: 10.1093/gigascience/giz128)   

7、    Liu GC#, Dong ZW#, Hou QB#, He JW, Zhao RP, Wang W, Li XY*. 2019. Second rhagophthalmid luciferase cloned from Chinese glow-worm Menghuoius giganteus (Rhagophthalmidae: Elateroidea). Photochem Photobiol. (doi: 10.1111/php.13172)  

8、    Chen X#, Dong ZW#, Liu GC#, He JW, Zhao RP, Wang W*, Pen YQ*, Li XY*. 2019. Phylogenetic analysis provides insights into the evolution of Asian fireflies and adult bioluminescence. Molecular Phylogenetics and Evolution 140, 106600. (doi:10.1016/j.ympev.2019.106600) 

9、    Liu GC#, Zhang R#, Hou QB, He JW, Dong ZW, Zhao RP, Wang W, Li XY*. 2019. Cloning and characterization of luciferase from the Chinese firefly Lamprigera yunnana. Photochem Photobiol. 95(5):1186-1194. (2018, IF=2.22) (https://doi.org/10.1111/php.13109) 

10、He JW#, Bi WX#, Dong ZW, Liu GC, Zhao RP, Wang W*, Li XY*. 2019. The mitochondrial genome of the first luminous click-beetle (Coleoptera: Elateridae) recorded in Asia. Mitochondrial DNA Part B-Resources. 4 (1): 565-567. (2017, IF=0.488). (https://doi.org/10.1080/23802359.2018.1555019)  

11、Liu GC, Dong ZW, He JW, Zhao RP, Wang W, Li XY*. 2017. Genome size of 14 species of fireflies (Insecta, Coleoptera, Lampyridae). Zoological Research (2017, 38 (6): 449-458). (DOI: 10.24272/j.issn.2095-8137.2017.078.) (SCI-E).   

12、Li XY#, Liu GC#, Sheng WJ#, Dong ZW, Chen L, Zhao RP, Wang W*. 2017. Genome editing in the butterfly type-species Papilio machaon. Insect Science. 24, 708-711, DOI10.1111/1744-7917.12421.  

13、Li XY#, Fan DD#, Zhang W#, Liu GC#, Zhang L#, Zhao L, Fang X, Chen L, Dong Y, Chen Y, Ding Y, Zhao RP, Feng MJ, Zhu Y, Feng Y, Jiang XT, Zhu DY, Xiang H, Feng XK, Li SC, Wang J, Zhang GJ, Kronforst MR *, Wang W*. 2015. Outbred genome sequencing and CRISPR/Cas9 gene editing in butterflies. Nature Communications, 6: 8212.    

14、Zhou Z, Jiang Y, Wang Z, Gou Z, Lyu L, Li W, Yu Y, Shu L, Zhao Y, Ma Y, Fang C, Shen Y, Liu T, Li C, Li Q, Wu M, Wang M, Wu Y, Dong Y, Wan W, Wang X, Ding Z, Gao Y, Xiang H, Zhu B, Lee S-H, Wang W*, Tian Z*. 2015. Resequencing 302 wild and cultivated accessions identifies genes related to domestication and improvement in soybean. Nature Biotechnology (2015), 33 (4): 408-414.   

15、Jiang Y, Xie M, Chen WB, Talbot R, Maddox JF, Faraut T, Wu CH, Muzny DM, Li YX, Zhang WG, Stanton JA, Brauning R, Barris WC, Hourlier T, Aken BL, Searle SMJ, Adelson DL, Bian C, Cam GR, Chen YL, Cheng SF, DeSilva U, Dixen K, Dong Y, Fan GY, Franklin IR, Fu SY, Fuentes-Utrilla P, Guan R, Highland MA, Holder ME, Huang GD, Ingham AB, Jhangiani SN, Kalra D, Kovar CL, Lee SL, Liu WQ, Liu X, Lu CX, Lv T, Mathew T, McWilliam S, Menzies M, Pan SK, Robelin D, Servin B, Townley D, Wang WL, Wei B, White SN, Yang XH, Ye C, Yue YJ, Zeng P, Zhou Q, Hansen JB, Kristiansen K, Gibbs RA, Flicek P, Warkup CC, Jones HE, Oddy VH, Nicholas FW, McEwan JC, Kijas JW, Wang J, Worley KC, Archibald AL, Cockett N, Xu X, Wang W*, Dalrymple BP*. 2014. The sheep genome illuminates biology of the rumen and lipid metabolism. Science (2014) 344: 1168-73.  

16、 Lyu J, Zhang SL, Dong Y, He WM, Zhang J, Deng X, et al, Wang W*. 2013. Analysis of elite variety tag SNPs reveals an important allele in upland rice, Nature Communications (2013) 4:2138.  

17、Dong Y, Xie M, Jiang Y, Xiao NQ, Du XY, Zhang WG, Tosser-Klopp G, Wang JH, Yang S, Liang J, Chen WB, Chen J, Zeng P, Hou Y, Bian C, Pan SK, Li YX, Liu X, Wang WL, Servin B, Sayre B, Zhu B, Sweeney D, Moore R, Nei WH, Shen YY, Zhao RP, Zhang GJ, Li JQ, Faraut T, Womack J, Zhang YP, Kijas J, Cockett N, Xu X, Zhao SH, Wang J*, Wang W*. 2013. Sequencing and automated whole-genome optical mapping of the genome of a domestic goat (Capra hircus). Nature Biotechnology (2013) 31: 135-141.  

18、Ding Y, Zhou Q, Wang W*. 2012. Origins of New Genes and Evolution of their Novel Functions. Annual Review of Ecology, Evolution, and Systematics (2012) 43: 345-363(invited review).  

19、Xu X, Liu X, Ge S, Jensen D J, Hu FY, Li X, Dong Y, Gutenkunst NR, Fang L, Huang Li, Li JX, He WM , Zhang GJ, Zheng XM, Zhang FM,Li YR, Yu C, Kristiansen K, Zhang XQ, Wang J, Wright M, McCouch S, Nielsen R, Wang J, Wang W*. 2012. Resequencing 50 accessions of cultivated and wild rice yields markers for identifying agronomically important genes. Nature Biotechnology (2012) 30: 105-111.   

20、Xiang H, Zhu JD, Chen Q, Dai FY, Li X, Li MW, Zhang HY, Zhang GJ, Li D, Dong Y, Zhao L, Lin Y, Cheng DJ, Yu J, Sun JF, Zhou XY, Ma KL, He YH, Zhao YX, Guo SC, Ye MZ, Guo GW, Li YR, Li RQ, Zhang XQ, Ma LJ, Kristiansen K, Guo QH, Jiang JH, Beck S, Xia QY*, Wang W*, Wang J*. 2010. Single base–resolution methylome of the silkworm reveals a sparse epigenomic map. Nature Biotechnology (2010) 28: 516-520.   

21、Zhou Q, Zhang G, Xu S, Zhao R, Li X, Ding Y, Wang W*. 2008. On the origin of new genes in Drosophila. Genome Research (2008) 18:1446-1455. 

22、Li X, Liang J, Yu H, Su B, Xiao C, Shang YF*, Wang W*. 2007. Functional consequences of new exon acquisition in mammalian chromodomain Y-like (CDYL) genes. Trends in Genetics (2007) 23: 427-431.  

23、Wang W *et al. 2005. Origin and Evolution of New Exons in Rodents. Genome Research (2005) 15: 1258-1264.   

24、Wang W, Yu H, Long M. 2004. Duplication-degeneration as a mechanism of gene fission and the origin of new genes in Drosophila. Nature Genetics (2004) 36: 523-527.   

25、Wang W, Brunet FG, Nevo E, Long M. 2002. Origin of Sphinx, a young chimeric RNA gene in Drosophila melanogaster. Proc. Natl. Acad. Sci. USA (2002) 99: 4448-4453.   

26、Wang W, Thornton K, Berry A, Long M. 2002. Nucleotide variation along the Drosophila melanogaster fourth chromosome. Science (2002) 295: 134-137. 

 

  研究团队

研究人员

李学燕   副研究员 lixy@mail.kiz.ac.cn

赵若苹   高级实验师 zhaorp@mail.kiz.ac.cn

刘贵春   实验师 liuguich@foxmail.com

董志巍   实验师 dongzhiwei@mail.kiz.ac.cn

常   洲   实验师 evenfall2004@163.com

研究生

曾   严   2014级 zengyan@mail.kiz.ac.cn

陈海涛   2014级 911430587@qq.com

王   宝   2015级 wangbao@mail.kiz.ac.cn

刘   威   2015级 lw_live@163.com

客座人员

万雯婷   博士研究生 wanwenting1986@163.com

何金武   博士研究生 HeJW2018@163.com

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