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文建凡  研究员
真核细胞进化基因组学学科组
职  务: 遗传资源与进化国家重点实验室副主任
学  历: 博士
电  话: +86 871 65198682
传  真: +86 871 65198682
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通讯地址: 云南省昆明市盘龙区龙欣路17号 中国科学院昆明动物研究所    650201
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  简  历

  博士,研究员(二级),博士生导师。现任“遗传资源与进化”国家重点实验室副主任,“真核细胞进化基因组学学科组”学科带头人;享受国务院特殊津贴专家,中科院“西部之光”人才,云南省“中青年学术与技术带头人”,云南省青年科技奖获得者,省委联系专家。现担任中国细胞生物学学会资深理事、中国动物学会原生动物学分会副理事长、云南省细胞生物学学会理事长;国家自然科学基金委二审评委,国家高层次人才培养支持计划评委;Mol Biol Evol、BMC Evol Biol、BMC Genomics、Parasitol Res、J Eukar Microbiol 等审稿人;《中国细胞生物学学报》、《生命科学研究》等编委。

  1996.8于中科院昆明动物研究所获动物学博士。1989.12于中科院昆明动物研究所获细胞生物学硕士。1986.7 于湖南师范大学生物系获理学学士。

  主要以处在关键进化地位的单细胞原生生物(Protist)(包括原生动物如贾第虫(Giardia) 和藻类(如衣藻、眼虫等))为研究对象,向下追溯到原核生物,向上拓展到多细胞生物,开展真核细胞的结构和功能,尤其是基因、基因家族、代谢途径和基因组的多样性及其演化的研究。旨在从进化的视角阐明真核细胞为什么具有如此这般的精细结构和精妙的功能活动机制,它们是如何从原核细胞进化而来,又怎样从单细胞进化成多细胞的,以及真核细胞的进化如何为后续的生物多样性和复杂性的形成和大发展奠定基础的。以期达到对真核细胞本身乃至由其所构建的真核生物的认识从“知其然”深化到“知其所以然”的境界。同时,对一些原生生物的特殊适应性(如寄生适应性(parasitic adaptation)、代谢适应性(metabolic adaptation)和营养方式适应性(trophic adaptation))和适应性辐射的细胞、分子和遗传机理进行深入研究,揭示其适应性进化的规律和机制,并从中发掘寄生原虫的防治靶标和一些可用于微藻工程的特异基因和代谢途径。近年来,还重点基于贾第虫的极小基因组开展真核细胞简约基因组(Minimal Genome)和底盘细胞(Chassis Cell)的构建,以及基于衣藻的混合营养机制进行微藻的基因组编辑研究,旨在构建具有基础研究价值和应用前景的真核底盘细胞和具有高效混合营养的工程藻株,为合成生物学的研究和应用提供重要基础。

  主持了包括国家基金重点项目、科技部973课题、中科院重要方向和云南省重点项目等科研项目50余项。在Mol Biol Evol、Cell Res、Biol Cell、Genome Biol Evol、BMC Genomics等在内的本领域重要学术刊物上发表学术论文70余篇。有3项研究成果获得省部级科技成果奖。已培养硕士32名(其中毕业获学位17名,转为博士生14名,在学硕士生1名)、博士研究生19名(其中毕业获学位17名,在读博士生2名)

  研究方向

真核细胞的进化基因组学

  旨在从分子和细胞两个层次上探讨真核细胞的结构、功能和基因、基因组在不同进化地位生物中的多样性及其进化形成的规律和机制。主要以一系列处在关键进化地位的单细胞原生动物(如贾第虫)和藻类(如单细胞绿藻、裸藻等)为研究对象,向下追溯到原核生物,向上扩展到多细胞生物,利用细胞、分子、生化、多种组学、生物信息学和进化生物学等多学科技术手段开展如下方面的研究:1)真核细胞的重要结构(如核骨架、核纤层、染色质和核仁等)的多样性与进化;2)真核细胞重要功能活动机制(如细胞核分裂、蛋白质定向转运系统、各种代谢途径如糖酵解、三羧酸循环、糖卡尔文循环、糖异生及脂类代谢等)的多样性与进化;3)与前二者相关的重要基因、基因家族、功能途径基因群和亚基因组(如核仁基因组)的多样性与进化问题; 4)一些生物的特殊适应性和适应性射的细胞、分子和基因组基础,并从中发掘有害生物(如寄生虫等)的特异性防治靶标和开发利用藻类的高效、特殊的生物代谢途径用于藻类工程和合成生物学。已取得的主要业绩有:1)确立了贾第虫(Giardia)为代表的双滴虫类在真核生物早期进化中的重要地位,重估了其在进化生物学的重要研究价值;2)揭示了血吸虫和贾第虫等的一些寄生适应性的分子机制,发现了一些潜在的特异防治靶标;3)否定了“衣藻-团藻”这一单细胞进化成多细胞生物的传统进化模型,揭示了衣藻混合营养(mixotrophy)的精巧代谢机制,对微藻工程和合成生物学具重要的应用前景。

  近来,重点基于某些原生生物的极小基因组和特殊的代谢途径开展简约基因组和底盘细胞的构建等合成生物学研究,旨在构建具有基础研究价值和广泛应用前景的真核底盘和具有高效混合营养的工程藻株,正在取得重要进展。

  承担科研项目

1. 国家基金委重点项目(30830018):“极原始的原生动物--贾第虫的核仁功能基因组与核仁的起源进化探讨”,主持

2. 科技部973项目课题(2007CB815705):“基因和基因家族/群功能的选择和进化”,主持

3. 国家基金委创新群体项目(30021004):“分子进化与进化基因组学”,主要成员(第二)

4. 国家基金委重大研究计划项目(90408016):“最原始真核细胞的蛋白定位信号系统与该系统在真核生物中的进化”,主持

5. 中科院知识创新工程重要方向项目(KSCX2-YW-R-091):“两类原生生物的分子系统学与青藏高原及周边山系兽类的分子系统地理学研究”,主持

6. 国家基金委面上项目(32070419):基于贾第虫的极小基因组探索构建简约基因组和真核底盘细胞,主持

7.国家基金委面上项目(31772452):“基于贾第鞭毛虫与其近缘种的比较基因组学研究探讨有性生殖的进化”,主持

8. 国家基金委面上项目(31572256):“贾第虫的极端原始性与次生寄生适应性的比较基因组学研究”,主持

9. 国家基金委面上项目(81271869):“血吸虫消化酶系和能量代谢途径的寄生适应性进化与防治靶标的发掘”,主持

10. 国家基金委面上项目(31172081):“几种寄生原生动物能量代谢途径适应性进化的基因组学研究”,主持

11. 国家基金委面上项目(30570241):“以由质体转移到核的基因为标记探讨眼虫类的系统演化”, 主持

12. 国家基金委面上项目(30170135):“低等生物源真核生物类的进化地位与系统发育研究”,主持

13. 国家基金委面上项目(30070362):“最原始真核细胞贾第虫的核纤层及其与核分裂的关系研究” 主持

14. 国家基金委优秀国家重点实验室项目(31123005):“适应性进化的分子机制研究”,参加

15. 国家基金委优秀国家重点实验室项目(30623007):“几个重要基因和基因家族及其功能的进化”,参加

16. 中国科学院“西部之光”项目:“微囊藻的tim基因及其在控制水华灾害中的应用基础研究”,主持

17. 中科院特别支持项目(STZ-00-23):“以最原始的真核细胞贾第虫为模型探讨若干重要基因家族的起源进化”,主持

18. 云南省跨世纪后备人才项目(2000YP19):“从基因及其家族的进化探讨生物多样性的形成基础及保护”,主持

19. 云南省基金委重点项目(2013FA019):“血吸虫适应性进化与疫苗防治靶标的发掘”,主持

20. 云南省应用基础研究计划重点项目(2006C0014Z):“血吸虫防治的分子生物学研究”,主持

  专家类别
研究员;享受政府特殊津贴专家;云南省中青年学术和技术带头人;西部之光人才;省委联系专家
  社会任职
中国细胞生物学学会资深理事,中国动物学会原生动物学分会副理事长,云南省细胞生物学会理事长,民盟中央委员,民盟云南省省委委员,云南省政协委员
  获奖及荣誉

2007年,核骨架与核纤层的起源进化研究云南省自然科学奖二等奖(排名第1);
2000
年,中国蓝氏贾第虫虫株分离培养、基因型及其细胞核研究北京市科学技术进步奖二等奖(排  

名第3);
1999
年,涡鞭毛虫(甲藻)及其进化地位的研究云南省自然科学奖二等奖(排名第1);

2017年,云南省先进工作者” (省级劳模)荣誉称号;

2013年,省委联系专家荣誉称号;

2006年,中国科学院研究生院颁发优秀教师荣誉称号;

2005年,云南省中青年学术和技术带头人称号;

2002年,国务院颁发政府特殊津贴

2000年,第二届云南省青年科技奖(共10名)。

  代表论著

1.    Feng JM, Yang CL, Tian HF, Wang JX, Wen JF*. Identification and evolutionary analysis of the nucleolar proteome of Giardia lamblia. BMC Genomics. 2020, 21(1):269.

2.    Lyu ZX, Shao JR , Xue M, Ye QQ , Chen B, Qin Y, Wen JF*. A new species of Giardia Künstler, 1882 (Sarcomastigophora: Hexamitidae) in hamsters. Parasites & Vectors. 2018, 11(1): 202.

3.    Xue M, Chen B, Ye QQ, Shao JR, Lyu ZX, Wen JF*. Sense-antisense gene overlap is probably a cause for retaining the few introns in Giardia genome and the implications. Biology Direct. 2018, 13:23.

4.    Ye QQ, Tian HF, Chen B, Shao JR, Qin Y, Wen JF*. Giardias primitive GPL biosynthesis pathways with parasitic adaptation ‘patches’: implications for Giardias evolutionary history and for finding targets against Giardiasis. Sci Rep. 2017, 7(1):9507.

5.    Feng JM, Tian HF, Wen JF*. Origin and Evolution of the Eukaryotic SSU Processome Revealed by a Comprehensive Genomic Analysis and Implications for the Origin of the Nucleolus. Genome Biol Evol. 2013, 5(12):2255-67.

6.    Tian HF, Feng JM, Wen JF*. The evolution of cardiolipin biosynthesis and maturation pathways and its implications to the evolution for eukaryotes. BMC Evol. Biol. 2012, 12:32.

7.    Jiang YH, Wang DY, Wen JF*. The independent prokaryotic origins of eukaryotic fructose-1 6-bisphosphatase and sedoheptulose-1 7-bisphosphatase and the implications of their origins for the evolution of eukaryotic Calvin cycle. BMC Evol. Biol. 2012, 12:208.

8.    Sun J, Jiang HF, Flores R, Wen JF*. Gene duplication in the genome of parasitic Giardia lamblia. BMC Evol. Biol. 2012, 10:49.

9.    Gao S, Xiong J, Zhang CC, Berquist BR, Yang RD, Zhao M, Molascon AJ, Kwiatkowski SY, Yuan DX, Qin ZH, Wen JF, Kapler G-M, Andrews P-C, Miao W*, Liu Y-F*. Impaired replication elongation in Tetrahymena mutants deficient in histone H3 Lys 27 monomethylation. Genes Dev. 2013, 27(15):1662-79.

10. Lin XD, Guo WP, Wang W, Zou Y, Hao ZY, Zhou DJ, Dong X, Qu Y-G, Li MH,. Tian HF, Wen JF, Alexander Plyusnin, Xu JG, Zhang YZ*. Migration of Norway Rats Resulted in the Worldwide Distribution of Seoul Hantavirus Today. J VIROL. 2012, 86(2):972-981.

11. Ni T, Yue JP, Sun GL, Zou Y, Wen JF*, Hang J-L*. Ancient gene transfer from algae to animals: Mechanisms and evolutionary significance. BMC Evol. Biol. 2012, 12:83.

12. Zhang YJ, Tian HF, Wen JF*. The evolution of YidC/Oxa/Alb3 family in the three domains of life: a phylogenomic analysis. BMC Evol. Biol. 2009, 9:137.

13. Xin DD, Wen J-*, He D, Lu S-Q. Identification of a Giardia krr1 homolog gene and the secondarily anucleolate condition of Giaridia lamblia. Mol. Biol. Evol. 2005, 22(3): 391-394.  

14. Zhang YJ, Zhu CX, Ding YR, Yan ZW, Li GH, Lan Y, Wen JF*, Chen B*. Subcellular stoichiogenomics reveal cell evolution and electrostatic interaction mechanisms in cytoskeleton. BMC Genomic. 2018, 19(1):469.

15. Feng JM, Jiang CQ, Sun ZY, Hua CJ, Wen JF, Miao W*, Xiong J*. Single-cell transcriptome sequencing of rumen ciliates provides insight into their molecular adaptations to the anaerobic and carbohydrate-rich rumen microenvironment. Mol Phylogenet Evol. 2019, 143:106687.

  研究团队

工作人员:

李毓劲,助理研究员,liyujin@mail.kiz.ac.cn

薛 敏,助理研究员,xuemin@mail.kiz.ac.cn

吕章夏,特别研究助理,lvzhangxia@mail.kiz.ac.cn

白慧掀,助理实验师,baihuixian@mail.kiz.ac.cn

研究生:

程姣妮 (2018博士生);邓琪 (2020博士生);Suliat Jimoh (2020 硕士生)

客座人员:

陈兵(讲师);叶青青(讲师);沈洁(硕士);罗宇鹏(本科生);向阳建(本科生);詹保全(本科生) 

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