博士，研究员，中国科学院院士，中国科学院昆明动物研究所所长，遗传资源与进化国家重点实验室主任。主要从分子水平研究生物多样性的演化及机制，近年来在亚洲人群的基因多样性与进化、家养动的起源与人工选择的遗传机制、动物适应进化的遗传机制、动物分子系统学和系统地理学等方面取得了突出的成果，已在Nature、Science、Nature Genetics、Proc Natl Acad Sci USA、Am J Hum Genet、Mol Biol Evol等SCI刊物发表论文一百多篇。现任国际重要刊物Genome Biol Evol副主编、Anim Genet编委。2008年作为首席科学家发起了国际生命条形码――中国计划，并使中国成为国际生命条形码计划四个中心节点中唯一的亚洲国家。

主要从事分子进化与基因组多样性的研究。工作总体上沿着五个密切相关的研究方向开展，并注意遗传、发育与进化的交叉：分子系统进化研究；分子生态学与保护遗传研究；人类的遗传与进化研究；家养动物的起源与驯化；进化基因组学的研究。
野生动物分子系统学研究  在基因组层次建立可靠的动物系统进化谱系，同时结合物种形态，生态，生物学特性等探讨重要的生物进化问题。开展多物种类群的比较系统地理研究，对重点类群物种进行深入的群体遗传学研究，结合地质演化，探讨相近物种分化、物种形成等科学问题。
动物的群体遗传与保护研究  开展一些濒危物种的群体遗传研究，通过了解这些物种群体演变的历史和发展趋势，为制定科学有效的保护对策提供指导。并检验“遗传多样性贫乏与物种濒危有关”这一影响很大的传统理论。
生命条形码项目  我们参与了国际生命条形码（iBOL）项目，旨在建立高通量的DNA条形码测定技术并以此为基础开展的生物多样性区系调查。
人类的遗传与进化研究  基于DNA信息，重建人类进化的历史，探讨人类重大疾病或重要性状的遗传基础，预测、甄别可能的疾病易感人群，为疾病的预防与控制提供必要的遗传学指导依据。
家养动物的起源与驯化  系统深入地研究东亚对家养动物起源的贡献，探讨起源驯化历史，摸清一些代表性家养动物遗传资源背景。开展从品种起源到性状形成以基因和基因组为基础的系统研究，鉴别与人工选择相关的基因或基因组功能元件，探讨人工选择的机制和意义，为品种改良提供依据。
进化基因组学的研究  研究基因重复后重复拷贝的进化命运，新功能、新信号通路、网络结构的起源进化。结合生存环境、行为特征等，探索基因生死、序列变异、表达调控分化等基因组动态变化与动物适应性进化，及各种进化力量在其间的作用。

1. 科技部973项目：中国-喜马拉雅地区生物多样性演变与保护研究 首席科学家：张亚平
2. 中科院知识创新工程重要方向项目：国际生命条形码（iBOL）中国预研 负责人：车静
3. 国家自然科学基金面上项目：林蛙群物种的系统分类、物种形成 负责人：车静
4. 国家自然科学基金面上项目：水体污染对滇池鲫鱼群体遗传结构的影响 负责人：高云
5. 国家基金委创新群体项目：分子进化与进化基因组学 负责人：张亚平
6. NFSC-云南省联合基金：云南及周边地区鸡和猪遗传资源的研究 负责人：张亚平
7. 中科院知识创新工程重要方向项目：重要家养动物的东亚起源 负责人：张亚平
8. 科技部973项目“人工选择与基因组进化”子课题1：家养动物与栽培植物的起源
9. 科技部973项目“人工选择与基因组进化”子课题2：家犬的形态变异与基因组进化
10.农业部转基因生物新品种培育重大专项：动物品质改良关键基因克隆及功能验证

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