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王文  研究员
基因起源学科组
职  务:
学  历: 博士
电  话: +86 871 65193359
传  真: +86 871 65193359
电子邮件: wwang@mail.kiz.ac.cn
通讯地址: 云南省昆明市教场东路32号 中国科学院昆明动物研究所    650223
其他主页: http://159.226.149.45/wangw2013/WenWang_Labweb_2013-3-22.htm
  简  历

  王文,博士生导师,现为中国科学院昆明动物所研究员,中德马普进化基因组学青年科学家小组组长,遗传资源与进化国家重点实验室学术委员会副主任。 

  1989年毕业于武汉大学生物系, 获学士学位。1992年在已故动物遗传学家施立明院士指导下在中国科学院昆明动物研究所获得硕士学位。199510-19966月在美国哥伦比亚大学作访问学者。1996年在施立明和吴鹤龄教授指导下在昆明动物研究所获得博士学位。19978月至20027月美国芝加哥大学生态与进化学系博士后暨研究助理。 

  2004年获得国家杰出青年基金。2004新世纪百千万人才工程国家级首批入选者2005年获得国家基金委重点项目资助。2007年作为首席科学家获得了“973”项目的支持。2008年获得中国科学院王宽诚西部学者突出贡献奖谈家桢生命科学创新奖 作为第一完成人于2012年和2010年分别获得国家自然科学奖二等奖和云南省自然科学一等奖。是云南省科技领军人才培养计划的第一批入选者。长期来一直致力于自然选择和人工选择下新遗传结构(genetic novelties)及其功能起源进化机制的研究。目前已经分别在ScienceNature GeneticsNature Review GeneticsNature BiotechnologyNaturePNASGenome ResearchPlant CellPLoS GeneticsTrends in GeneticsGenome BiologyMolecular Biology and EvolutionGenetics等重要学术杂志上发表多篇论文。

  研究方向

  在这个后基因组学时代,理解浩如烟海的基因组学数据不仅是一个热门的话题,更是一件具有挑战性的科学课题。本实验室侧重于了解在进化历程中基因组新结构及其功能产生的机制和过程。主要包括研究新基因起源和进化的机制,以及以新基因为切入点研究新的通路和网络形成和进化的规律,最终希望以整合遗传、进化和发育的方式,了解遗传、表型形成和生物适应的关系。 

  在未来几年里,我们将主要围绕基因组中新基因、新功能的起源进化和基因组的进化机制进行研究。现阶段主要有以下研究方向 

  1、年轻新基因的起源进化及其在生物发育和进化中的作用。遗传、发育和进化是生命科学中的本质问题。传统的进化发育生物学(Evo-Devo)更多是探讨动物中古老的、共有的发育机制,很多看法和假说难以在物种分化的水平得到验证和阐释。最近Evo-Devo的新发展则主要侧重于种内或近缘种间基因的调控改变。但我们近期关于新基因及其功能起源进化的研究表明,一个崭新基因的出现能对表型或发育过程产生重要的影响。我们计划利用我们过去几年中在果蝇中鉴别出来的一批年轻新基因,结合分子进化、进化基因组学、转基因和基因敲出、基因芯片、蛋白双向电泳、蛋白相互作用、表型分析等技术手段,阐明这些与动物发育和进化相关的新基因及其新功能的起源进化机制,并以它们为模型揭示新pathway起源进化和维持调整的机制,对比其他无新基因的近缘物种探讨发育上新功能和性状的发生对物种适应的意义,开辟一条认知遗传、发育和进化统一的新道路。 

  2、新pathways起源进化的机制。我们将利用酵母、果蝇等作为模型,以年轻新基因为切入点,研究一个新基因出现后,是怎样组织新的pathways或调控老的pathways 

  3、人工选择和基因组进化的机制。家养动物和栽培作物是人类文明和社会赖以存在和发展的重要物质基础。但是,自达尔文首次系统论述家养动物和栽培植物因人工选择而发生显著变异的现象以来,因为囿于人工选育性状的复杂性及其往往不遵循典型的孟德尔遗传方式,人们对于人工选择的遗传机制和在人工选择下基因和基因组的变化、进化规律依然知之甚少,甚至比我们对自然选择机制的了解还少。随着基因组数据的大量积累和进化基因组学研究理论和技术的迅猛发展,现在我们已可以在基因组的大尺度水平系统研究人工选择的遗传作用机制。本研究课题计划通过对驯养生物及其野生种基因组水平和表观基因组学(epigenomics)水平的大规模比较分析,定义受人工选择作用的大量基因和基因组区域,归纳总结人工选择作用的遗传机制和一般规律。利用规模化的转基因技术,鉴别出一批与人工选择性状相关的重要基因,为遗传和基因工程育种提供重要的理论指导和基因及品系资源。 

  4、其他进化基因组学研究课题,如动物毒素基因的起源进化、新性染色体的进化、新外显子的进化等。 

  承担科研项目

起止时间 

名称 

来源 

金额 (万元)

主持人 

状态 

2014.1?2016.12 

基因组中新遗传结构的起源与动物的适应进化 

国家基金委创新群体项目 

600 

王文 

在研 

2013.1?2017.12 

生物物种性状进化的遗传创新基础 

云南科技厅科技科技领军人才项目 

1000 

王文 

在研 

2013.1?2017.8 

  

我国重要家养动植物在人工选择下进化的遗传和基因组机制 

科技部国家重点基础研究发展计划(973计划)项目 

~3200 

王文(首席科学家) 

在研 

2011.12?2015.12 

家蚕人工驯化过程中的表观遗传学改变及意义 

中科院西部之光人才培养计划-重点项目 

30 

相辉 

在研 

2011.1?2013.12 

两种蝴蝶的探索性基因组测序 

中科院优秀博士学位论文、院长奖科研启动专项资金资助项目 

10 

杨爽 

已结题 

2010.1?2013.12 

表观遗传在水稻驯化中的作用 

中科院西部之光人才培养计划-西部博士资助项目 

20 

李昕 

已结题 

2010.1?2013.12 

家蚕在人工驯化过程中基因组的表观遗传学进化 

国家自然科学基金委-重大研究计划-重点支持项目 

200 

王文 

已结题 

2010.1?2013.12 

年轻新基因在果蝇发育和进化中的作用 

国家自然科学基金委-重点项目 

180 

王文 

已结题 

2009.6?2010.12 

用进化基因组学方法规模化克隆鉴定水稻经济性状基因 

国家农业部转基因生物新品种培育重大专项 

257.47 

王文 

已结题 

2009.1?2011.12 

干细胞相关基因的起源和进化 

国家自然科学基金委-青年科学基金项目 

24 

任立晨 

已结题 

2009.1?2011.12 

家蚕在人工驯化过程中基因组的表观遗传学变化 

国家自然科学基金委-面上项目 

33 

相辉 

已结题 

2009.1?2011.12 

水稻基因资源的规模化功能鉴定 

云南省应用基础研究重点项目 

45 

王文 

已结题 

2009.1?2011.12 

年轻整联蛋白基因在果蝇发育和进化中的作用 

国家自然科学基金委-面上项目 

40 

王文 

已结题 

2008.102011.9 

基因起源研究 

创新工程试点经费-专项-科研-人才引进-其他 

100 

王文 

已结题 

2007.10?2010.9 

动物发育中新基因及其功能的产生和进化 

中科院知识创新工程重要方向性项目 

150 

王文 

已结题 

2007.7?2011.8 

人工选择与基因组进化 

云南省联合支持国家科技计划 

200 

王文 

已结题 

2007.72011.8 

人工选择与基因组进化(基因组在人工选择作用下的一般进化模式和机制) 

国家重点基础研究发展计划(973计划)项目 

2506.75588.47 

王文(首席科学家) 

已结题 

2006.1?2008.12 

果蝇kep1 基因家族中新基因起源与功能的研究 

国家自然科学基金委-面上项目 

24 

杨爽 

已结题 

2005.1?2008.12 

新基因的起源和进化 

国家自然科学基金委-重点项目 

145 

王文 

已结题 

2004.9?2007.9 

果蝇基因组变异与自然选择和物种形成的遗传机制 

中国科学院海外杰出青年学者基金 

50 

吴仲义、 

王文 

已结题 

2004.1?2007.12 

遗传学 

国家自然科学基金委-国家杰出青年科学基金 

120 

王文 

已结题 

2004.1?2006.12 

基因组新结构和新功能发生的进化遗传学机制 

中科院知识创新工程重要方向性项目 

150 

王文、宿兵 

已结题 

2002.8?2007.6 

马普青年科学小组国际合作项目 

德国马普学会、中国科学院 

600 

王文 

已结题 

2002.8? 

基因起源 

创新工程经费 

  

王文 

在研 

2002.8?2007.6 

马普青年科学小组国际合作项目 

德国马普学会、中国科学院 

600 

王文 

已结题 

2002.8?2007.6 

马普青年科学小组国际合作项目 

德国马普学会、中国科学院 

600 

王文 

已结题 

2002.82?007.6 

马普青年科学小组国际合作项目 

德国马普学会、中国科学院 

600 

王文 

已结题 

2002.82?007.6 

马普青年科学小组国际合作项目 

德国马普学会、中国科学院 

600 

王文 

已结题 

2002.8?2007.6 

马普青年科学小组国际合作项目 

德国马普学会、中国科学院 

600 

王文 

已结题 

2002.8?2007.6 

马普青年科学小组国际合作项目 

德国马普学会、中国科学院 

600 

王文 

已结题 

2002.82?007.6 

马普青年科学小组国际合作项目 

德国马普学会、中国科学院 

600 

王文 

已结题 

2002.8?2007.6 

马普青年科学小组国际合作项目 

德国马普学会、中国科学院 

600 

王文 

已结题 

2002.8?2007.6 

马普青年科学小组国际合作项目 

德国马普学会、中国科学院 

600 

王文 

已结题 

2002.8?2007.6 

马普青年科学小组国际合作项目 

德国马普学会、中国科学院 

600 

王文 

已结题 

2002.8?2007.6 

马普青年科学小组国际合作项目 

德国马普学会、中国科学院 

600 

王文 

已结题 

2002.8?2007.6 

马普青年科学小组国际合作项目 

德国马普学会、中国科学院 

600 

王文 

已结题 

2002.8?2007.6 

马普青年科学小组国际合作项目 

德国马普学会、中国科学院 

600 

王文 

已结题 

2002.8?2007.6 

马普青年科学小组国际合作项目 

德国马普学会、中国科学院 

600 

王文 

已结题 

2002.8?2007.6 

马普青年科学小组国际合作项目 

德国马普学会、中国科学院 

600 

王文 

已结题 

2002.8?2007.6 

马普青年科学小组国际合作项目 

德国马普学会、中国科学院 

600 

王文 

已结题 

2002.8?2007.6 

马普青年科学小组国际合作项目 

德国马普学会、中国科学院 

600 

王文 

已结题 

2002.8?2007.6 

马普青年科学小组国际合作项目 

德国马普学会、中国科学院 

600 

王文 

已结题 

2002.8?2007.6 

马普青年科学小组国际合作项目 

德国马普学会、中国科学院 

600 

王文 

已结题 

2002.8?2007.6 

马普青年科学小组国际合作项目 

德国马普学会、中国科学院 

600 

王文 

已结题 

  专家类别
杰出青年;国家百千万人才工程专家;享受政府特殊津贴专家
  社会任职
中国昆虫学会理事,云南昆虫学会理事
  获奖及荣誉

2004年获得国家杰出青年基金。2004年“新世纪百千万人才工程国家级首批入选者”。2005年获得国家基金委重点项目资助。2007年作为首席科学家获得了“973”项目的支持。“中国科学院王宽诚西部学者突出贡献奖”和“谈家桢生命科学创新奖”。 作为第一完成人于2012年和2010年分别获得国家自然科学奖二等奖和云南省自然科学一等奖。是“万人计划”科技创新领军人才第一批入选者。长期来一直致力于自然选择和人工选择下新遗传结构(genetic novelties)及其功能起源进化机制的研究。目前已经分别在Science、Nature Genetics、Nature Review Genetics、Nature Biotechnology、Nature、PNAS、Genome Research、Plant Cell、PLoS Genetics、Trends in Genetics、Genome Biology、Molecular Biology and Evolution、Genetics等重要学术杂志上发表多篇论文。

  代表论著

  通讯作者和第一作者SCI论文 (*通讯作者)1-45): 

  1. Jiang Y, …..,  Xu X*, Wang W*, Brian P. Dalrymple*. 2014. The sheep genome illuminates biology of the rumen and lipid metabolism. Science 344(6188): 1168-1172. 2013IF=31.027 

  2.  Zhao YJ, Zeng Y, Chen L, Dong Y, Wang W*.2013.Analysis of Transcriptomes of Three Orb-Web Spider Species Reveals Gene Profiles Involved in Silk and Toxin. Insect Sci.  Oct 25. doi: 10.1111/1744-7917.12068. (2012, IF= 1.786; 1.59) 

  3.  Xiang H, Li X, Dai F, Xu X, Tan A, Chen L, Zhang G, Ding Y, Li Q, Lian J, Willden A, Guo Q, Xia Q, Wang J, Wang W*.  2013. Comparative methylomics between domesticated and wild silkworms implies possible epigenetic influences on silkworm domestication. BMC Genomics: Sep 23; 14: 646. (2012, IF= 4.379; 4.615) 

  4.  Lyu J, Zhang S, Dong Y, He W, Zhang J, Deng X, Zhang Y, Li X, Li B, Huang W, Wan W, Yu Y, Li Q, Li J, Liu X, Wang B, Tao D, Zhang G, Wang J, Xu X, Hu F,Wang W*. 2013. Analysis of elite variety tag SNPs reveals an important allele in upland rice. 2013. Nat Commun. 2013 Jul 5; 4: 2138. (2012, IF= 10.015; 10.02) 

  5.  Dong Y, Xie M, Jiang Y, Xiao NQ, Du XY, Zhang WG, Tosser-Klopp G, Wang JH, Yang S, Liang J, Chen WB, Chen J, Zeng P, Hou Y, Bian C, Pan SK, Li YX, Liu X, Wang WL, Servin B, Sayre B, Zhu B, Sweeney D, Moore R, Nei WH, Shen YY, Zhao RP, Zhang GJ, Li JQ, Faraut T, Womack J, Zhang YP, Kijas J, Cockett N, Xu X, Zhao SH, Wang J, Wang W*, Sequencing and automated whole-genome optical mapping of the genome of a domestic goat (Capra hircus), Nature Biotechnology, 31(2) (2013)135-141. doi:10.1038/nbt.2478. (2011, IF= 23.268) 

  6.  Song LT, Wang W*, Genomes and evolutionary genomics of animals, Current Zoology, 59(1) (2012), 1674-5507. 

  7.  Ding Y, Zhou Q, Wang W*, Origins of new genes and evolution of their novel functions, Annual Review of Ecology, Evolution and Systematics, 43 (2012), 345-363. (invited Review) (2011IF= 14.373) 

  8.  Li X, Zhu JD, Hu FY, Ge S, Ye MZ, Xiang H, Zhang GJ, Zheng XM, Zhng HY, Zhang SL, Li Q, Luo RB, Yu C, Yu J, Sum JF, Zhou XY, Cao XF, Xie XF*, Wang J*, Wang W*, Single-base resolution maps of cultivated and wild rice methylomes and regulatory roles of DNA methylation in plant gene expression, BMC Genomics, 13(300) (2012), 1-15. (2011IF= 4.073) 

  9.  Zhou Q, Zhu HM, Huang QF, Zhao L, Zhang GJ, Roy S, Vicoso B, Xuan ZL,  Ruan J, Zhang Y, Zhao RP, Ye C, Zhang QX, Wang J, Wang W*, Bachtrog D*, Deciphering neo-sex and B chromosome evolution by the draft genome of Drosophila albomicans, BMC Genomics, 13(109) (2012), 1-12. (2011IF= 4.073) 

  10. Zhan ZB, Ding Y, Zhao RP, Zhang Y, Yu HJ, Zhou Q, Yang S, Xiang H*, Wang W*, Rapid functional divergence of a newly evolved polyubiquitin gene in Drosophila and its role in the trade-off between male fecundity and lifespan, Molecular biology and Evolution, 29(5) (2012), 1407-1416. (2011, IF= 5.550) 

  11. Xu X, Liu X, Ge S, Jensen D J, Hu FY, Li X, Dong Y, Gutenkunst NR, Fang L, Huang Li, Li JX, He WM , Zhang GJ, Zheng XM, Zhang FM, Li YR, Yu C, Kristiansen K, Zhang XQ, Wang J, Wright M, McCouch S, Nielsen R, Wang J, Wang W*, Resequencing 50 accessions of cultivated and wild rice yields markers for identifying agronomically important genes, Nature Biotechnology, 30(1) (2012), 105-111. (2011, IF= 23.268) 

  12. Jiang Y, Li Y, Lee W, Xu X, Zhang Y, Zhao R, Zhang Y*, Wang W*, Venom gland transcriptomes of two elapid snakes (Bungarus multicinctus and Naja atra) and evolution of toxin genes, BMC Genomics, 12(1) (2011), 1-13. (2011, IF= 4.073) 

  13. Zhan ZB, Ren J, Zhang Y, Zhao RP, Yang S, Wang W*, Evolution of alternative splicing in newly evolved genes of Drosophila, Gene, 470(1-2) (2011), 1-6. (2011, IF= 2.341) 

  14. Ding Y, Zhao L, Yang S, Jiang Y, Chen Y, Zhao RP, Zhang Y, Zhang GJ, Dong Y, Yu HJ, Zhou Q, Wang W*, A young Drosophila duplicate gene plays essential roles in spermatogenesis by regulating several Y-Linked male fertility genes, PLoS Genetics, 6(12) (2010), e1001255. (2010, IF= 9.543) 

  15. Li D, Dong Y, Jiang Y, Jiang HF, Cai J, Wang W*, A de novo originated gene depresses budding yeast mating pathway and is repressed by the protein encoded by its antisense strand, Cell Research, 20(4) (2010), 408-420. (2010, IF= 9.417) 

  16. Xiang H, Zhu JD, Chen Q, Dai FY, Li X, Li MW, Zhang HY, Zhang GJ, Li D, Dong Y, Zhao L, Lin Y, Cheng DJ, Yu J, Sun JF, Zhou XY, Ma KL, He YH, Zhao YX, Guo SC, Ye MZ, Guo GW, Li YR, Li RQ, Zhang XQ, Ma LJ, Kristiansen K, Guo QH, Jiang JH, Beck S, Xia QY, Wang W*, Wang J, Single base–resolution methylome of the silkworm reveals a sparse epigenomic map, Nature Biotechnology, 28(5) (2010), 516-520. (2010, IF= 31.090) 

  17. Li X, Zhao L, Jiang H, Wang W*, Short homologous sequences are strongly associated with the generation of chimeric RNAs in eukaryotes, Journal of Molecular Evolution, 68(1) (2009), 56-65. (2009, IF= 2.323) 

  18. Jiang H, Zhang Y, Sun J, Wang W*, Gu Z*, Differential selection on gene translation efficiency between the filamentous fungus Ashbya gossypii and yeasts, BMC Evolutionary Biology, 8 (2008), 343. (2008, IF= 4.050) 

  19. Zhou Q, Wang W*, On the origin and evolution of new genes a genomic and experimental perspective, Journal of Genetics and Genomics, 35(11) (2008), 639-648. (2008, IF= 0.358) 

  20. Zhou Q, Wang J, Huang L, Nie W, Wang JH, Liu Y, Zhao X, Yang F, Wang W*, Neo-sex chromosomes in the black muntjac recapitulate incipient evolution of mammalian sex chromosomes, Genome Biology, 9(6) (2008), r98. (2008, IF= 4.050) 

  21. Zhou Q, Zhang G, Zhang Y, Xu S, Zhao R, Li X, Ding Y, Wang W*, On the origin of new genes in Drosophila, Genome Research, 18(9) (2008), 1446-1455. (2008, IF= 10.176) 

  22. Jiang H, Guan W, Pinney D, Wang W*, Gu Z*, Relaxation of yeast mitochondrial functions after whole genome duplication, Genome Research, 18(9) (2008), 1466-1471. (2008, IF= 10.176) 

  23. Cai J, Zhao RP, Jiang HF, Wang W*, De novo origination of a new protein-coding gene in Sacchoramyces cerevisiae, Genetics, 179(1) (2008), 487-496, (2008, IF= 4.002) 

  24. Yang S, Arguello JR, Li X, Ding Y, Zhou Q, Chen Y, Zhang Y, Zhao R, Brunet F, Peng L, Long M*, Wang W*, Repetitive elements-mediated recombination as a mechanism for new gene origination in Drosophila, PLoS Genetics, 4(1) (2008), e3, (2008, IF= 8.883) 

  25. Li X, Liang J, Yu H, Su B, Xiao C, Shang YF, Wang W*, 2007, Functional consequence of new exon acquisition in mammalian CDYL genes, Trends in Genetics, 23(9) (2007), 427-431. (2007, IF= 9.729) 

  26. Wang W*, Zheng H, Fan C, Li J, Shi J, Cai Z, Zhang G, Liu D, Zhang J, Vang S, Lu Z, Wong GKS, Long M*, Wang J*, High rate of chimeric gene origination by retroposition in plant genomes, Plant Cell, 18(8) (2006), 1797-1802. (2006, IF= 9.868) 

  27. Zhou Q, Huang L, Zhang J, Zhao X, Zhang Q, Song F, Chi J, Yang, Wang W* , Comparative genomic analysis links karyotypic evolution with genomic evolution in the Indian Muntjac (Muntiacus muntjak vaginalis), Chromosoma, 115(6) (2006), 427-436. (2006, IF= 4.065) 

  28. Jiang, H , Liu D, Gu Z , Wang W*, Rapid evolution in a pair of recent duplicate segments of rice, Journal of Experimental Zoology Part B-Molecular and Developmental Evolution, 308(1) (2007), 50-57. (2007, IF= 3.578)  

  29. Yu H, Jiang H, Zhou Q, Yang J, Cun Y, Su B, Xiao C, Wang W*, Origination and evolution of a human-specific transmembrane protein gene, c1orf37-dup, Human Molecular Genetics, 15(11) (2006), 1870-1875. (2006, IF= 8.099) 

  30. Arguello JR, Chen Y, Yang S, Wang W*, Long M*, Origination of an X-linked testes-specific chimeric gene by illegitimate recombination in Drosophila, PLoS Genetics, 2(5) (2006), e77(0745-0754). (2006, IF= 7.671) 

  31. Yu H, Zhao X, Su B, Li D, Xu Y, Luo S, Xiao C, Wang W*, Expression of NF1 pseudogenes, Human Mutation, 26(6) (2005): 487-488. (2005, IF = 7.923) 

  32. Wang W *, Zheng HK, Yang S, Yu HJ, Li J, Jiang HF, Su JN, Yang L, Zhang JG, McDermott J, Samudrala R, Wang J, Yang HM, YU J, Kristiansen K, Wong GK, Wang J, Origin and evolution of new exons in rodents, Genome Research, 15(9) (2005), 1258-1264. (2005, IF= 10.139) 

  33. Peng L, Zheng H, Li X, Yang S, Chen H, Wang W*, Origin and evolution of new exons in the rodent zinc finger protein 39 gene, Chinese Science Bulletin, 50(11) (2005), 1120-1125. (2005, IF= 0.783)  

  34. Lee WH, Li Y, Lai R, Li S, Zhang Y, Wang W*, Variety of antimicrobial peptides in the Bombina maxima toad and evidence of their rapid diversification, European Journal of Immunology, 35(4) (2005), 1220-1229. (2005, IF= 4.876) 

  35. Li X, Yang S, Peng LX, Chen H, Wang W*, Origin and evolution of new genes, Chinese Science Bulletin, 49(16) (2004), 1681-1686. (2004, IF= 0.683) 【中文版:李昕,杨爽,彭立新,陈宏,王文*,新基因的起源与进化,科学通报49(13) (2004), 1219-1225. 

  36. Wang W, Yu H, Long M*, Duplication-degeneration as a mechanism of gene fission and the origin of Drosophila new genes, Nature Genetics, 36(5) (2004), 523-527, (2004, IF= 24,695) 

  37. Wang W, Thornton K, Emerson JJ, Long M*, Nucleotide variation and recombination along the fourth chromosome in Drosophila simulans, Genetics, 166(4) (2004), 1783-1794. (2004, IF= 4.138) 

  38. Wang W, Brunet FG, Nevo E, Long M*, Origin of Sphinx, a young chimeric RNA gene in Drosophila melanogaster, Proceedings of the National Academy of the Sciences United States of America, 99(7) (2002), 4448-4453. (2002, IF= 10.7) 

  39. Wang W, Thornton K, Berry A, Long M*, Nucleotide variation along the fourth chromosome of Drosophila melanogaster, Science, 295(5552) (2002), 134-137. (2002, IF= 26.682) 

  40. Wang W, Zhang J, Alvarez C, Llopart A, Long M*, The origin of the jingwei gene and the complex modular structure of its parental gene, yellow emperor, in D, melanogaster, Molecular Biology and Evolution, 17(9) (2000), 1294-1301. (IF= 6.2) 

  41. Wang W*, Lan H, Rapid and parallel chromosomal number reductions in muntjac deer inferred from mitochondrial DNA phylogeny, Molecular Biology and Evolution, 17(9) (2000), 1326-1333. (IF= 6.2) 

  42. Yu H*, Wang W (same contribution as the 1st author), Fang S, Zhang YP, Lin FJ, Geng ZC, Phylogeny and evolution of the Drosophila nasuta subgroup based on mitochondrial ND4 and ND4L gene sequences, Molecular Phylogenetics and Evolution, 13(3) (1999), 556-565. (IF= 3.127) 

  43. Wang W, Forstner MRJ, Zhang YP, Liu ZM, Wei Y, Hu HG, Xie YX, Wu DH, Melnick DJ*, A phylogeny of Chinese leaf monkeys using mitochondrial ND3-ND4 gene sequences, International Journal of Primatology, 18(3) (1997), 305-320. (IF= 1.13) 

  44. Wang W, Su B, Lan H, Zhang YP, Lin SY, Liu AH, Liu RQ, Ji WZ, Hu HG, Xie YX, Wu DH, Phylogenetic relationships among two golden monkey species and three leaf monkey species within Colobinae inferred from ribosomal DNA restriction site variation, Folia Primatologica, 65 (1995), 138-143, (IF= 0.8) 

  45. Wang W, Lan H, Su B, Shi LM, Random amplified DNA polymorphism in four minorities of Yunnan Province, Chinese Science Bulletin, 40 (1995), 158-163, (IF= 0.8) 

  46. Wang W*, Liu AH, Lin SY, Lan H, Su B, Xie DW, Shi LM, Multiple genotypes of mitochondrial DNA within a horse population from a small region in Yunnan province of China, Biochemical Genetics, 32(9-10) (1994), 371-378. (IF= 0.8) 

  47. Wang W, Lin FY, Shi LM, Mitochondrial DNA polymorphism in the natural populations of Drosophila albomicans, (1) remarkable mtDNA polymorphism in the natural populations of Drosophila albomicans, Science in China, 37(11) (1994), 1329-1340. (IF= 0.03) 

  48.  Wang W, Lin FY, Shi LM. 1994. Mitochondrial DNA polymorphism in the natural populations of Drosophila albomicans. II. Genetic differentiation among different geographic populations. Chinese Journal of Genetics. 21: 147158. 

  49.  王文, 刘爱华,施立明,谢德文. 1994. 家鸡和原鸡的线粒体DNA多态性比较. 动物学研究 15: 55-60.     

  共同作者的有关重要论文(46-50): 

  50. Hu HY, He L, Fominykh K, Yan Z, Guo S, Zhang X, Taylor MS, Tang L, Li J, Liu J, Wang W, Yu H*, Khaitovich P*, Evolution of the human-specific microRNA miR-941, Nature Communications, 3(1145) (2012), 2146. (2011, IF= 7.396) 

  51. Xia QY*, Zhou ZY*, Lu C*, Cheng DJ, Dai FY, Li B, Zhao P, Zha XF, Cheng TC, Chai CL, Pan GQ, Xu JS, Liu C, Lin Y, Qian JF, Hou Y, Wu ZL, Li GR, Pan MH, Li CF, Shen YH, Lan XQ, Yuan LW, Li T, Xu HF, Yang GW, Wan YJ, Zhu Y, Yu MD, Shen WD, Wu DY, Xiang ZH, Yu J, Wang J*, Li RQ*, Shi JP, Li H, Li GY, Su JN, Wang XL, Li GQ, Zhang ZJ, Wu QF, Li J, Zhang QP, Wei N, Xu JZ, Sun HB, Dong L, Liu DY, Zhao SL, Zhao XL, Meng QS, Lan FD, Huang XG, Li YZ, Fang L, Li CF, Li DW, Sun YQ, Zhang ZP, Yang Z, Huang YQ, Xi Y, Qi WH, He DD, Huang HY, Zhang XW, Wang ZQ, Li WJ, Cao YZ, Yu YP, Yu H, Li JH, Ye JH, Chen H, Zhou Y, Liu B, Wang J, Ye J, Ji H, Li ST, Ni PX, Zhang JG, Zhang Y, Zheng HK, Mao BY, Wang W, Ye C, Li SG, Wang J, Wong GKS, Yang HM, A draft sequence for the genome of the domesticated silkworm (Bombyx mori), Science, 306(5703) (2005), 1937-1940. (2005, IF= 30.927) 

  52. Yu J*, Wang J, Lin W, Li SG, Li H, Zhou J, Ni PX, Dong W, Hu SN, Zeng CQ, Zhang JG, Zhang Y, Li RQ, Xu ZY, Li ST, Li XR, Zheng HK, Cong LJ, Lin L, Yin JN, Geng JN, Li1 GY, Shi JP, Liu J, Lv H, Li J, Wang J , Deng YJ, Ran LH, Shi XL, Wang XY, Wu QF, Li CF, Ren XY, Wang JQ, Wang XL, Li DW, Liu DY, Zhang XW, Ji ZD, Zhao WM, Sun YQ, Zhang ZP, Bao JY, Han YJ, Dong LL, Ji J, Chen P, Wu S, Liu JS, Xiao Y, Bu DB, Tan JL, Yang L, Ye C, Zhang ZF, Xu JY, Zhou Y, Yu YP, Zhang B, Zhuang SL, Wei HB, Liu B, Lei M, Yu H, Li YZ, Xu H, Wei SL, He XM, Fang LJ, Zhang ZJ, Zhang YZ, Huang XG, Su ZX, Tong W, Li JH, Tong ZZ, Li SL, Ye J, Wang LS, Fang L, Lei TT, Chen C, Chen H, Xu Z, Li HH, Huang HY, Zhang F, Xu HY, Li N, Zhao CF, Li S, Dong LJ, Huang YQ, Li L, Xi Y, Qi QH, Li WJ, Zhang B, Hu W, Zhang YL, Tian XJ, Jiao YZ, Liang XH, Jin J, Gao L, Zheng WM, Hao B, Liu SQ, Wang W, Yuan LP, Cao ML, McDermott J, Samudrala R, Wang J*, Wong GKS*, Yang HM*, The genome of Oryza sativa: A history of duplications, PLoS Biology, 3(2) (2005), e38. (2005, IF= 14.672) 

  53. Long M*, Betran E, Kevin T, Wang W, Origin of new genes: glimpses from the young and old, Nature Reviews Genetics, 4(11) (2003), 856-875. (2003, IF= 25.664) 

  54. Wyckoff G, Wang W, Wu CI*, Rapid evolution of male reproductive genes in the descent of man, Nature, 403(6767) (2000), 304-309. (IF= 29) 

    

    

    

  三、       近五年发表的代表性文章(*通讯作者) 

  1.      Dong Y, Xie M, Jiang Y, Xiao NQ, Du XY, Zhang WG, Tosser-Klopp G, Wang JH, Yang S, Liang J, Chen WB, Chen J, Zeng P, Hou Y, Bian C, Pan SK, Li YX, Liu X, Wang WL, Servin B, Sayre B, Zhu B, Sweeney D, Moore R, Nei WH, Shen YY, Zhao RP, Zhang GJ, Li JQ, Faraut T, Womack J, Zhang YP, Kijas J, Cockett N, Xu X, Zhao SH, Wang J, Wang W*, Sequencing and automated whole-genome optical mapping of the genome of a domestic goat (Capra hircus), Nature Biotechnology, 31(2) (2013)135-141. doi:10.1038/nbt.2478. (2011, IF= 23.268) 

  2.      Song LT, Wang W*, Genomes and evolutionary genomics of animals, Current Zoology, 59(1) (2012), 1674-5507. 

  3.      Ding Y, Zhou Q, Wang W*, Origins of new genes and evolution of their novel functions, Annual Review of Ecology, Evolution and Systematics, 43 (2012), 345-363. (invited Review) (2011IF= 14.373) 

  4.      Li X, Zhu JD, Hu FY, Ge S, Ye MZ, Xiang H, Zhang GJ, Zheng XM, Zhng HY, Zhang SL, Li Q, Luo RB, Yu C, Yu J, Sum JF, Zhou XY, Cao XF, Xie XF*, Wang J*, Wang W*, Single-base resolution maps of cultivated and wild rice methylomes and regulatory roles of DNA methylation in plant gene expression, BMC Genomics, 13(300) (2012), 1-15. (2011IF= 4.073) 

  5.      Zhou Q, Zhu HM, Huang QF, Zhao L, Zhang GJ, Roy S, Vicoso B, Xuan ZL,  Ruan J, Zhang Y, Zhao RP, Ye C, Zhang QX, Wang J, Wang W*, Bachtrog D*, Deciphering neo-sex and B chromosome evolution by the draft genome of Drosophila albomicans, BMC Genomics, 13(109) (2012), 1-12. (2011IF= 4.073) 

  6.      Zhan ZB, Ding Y, Zhao RP, Zhang Y, Yu HJ, Zhou Q, Yang S, Xiang H*, Wang W*, Rapid functional divergence of a newly evolved polyubiquitin gene in Drosophila and its role in the trade-off between male fecundity and lifespan, Molecular biology and Evolution, 29(5) (2012), 1407-1416. (2011, IF= 5.550) 

  7.      Xu X, Liu X, Ge S, Jensen D J, Hu FY, Li X, Dong Y, Gutenkunst NR, Fang L, Huang Li, Li JX, He WM , Zhang GJ, Zheng XM, Zhang FM, Li YR, Yu C, Kristiansen K, Zhang XQ, Wang J, Wright M, McCouch S, Nielsen R, Wang J, Wang W*, Resequencing 50 accessions of cultivated and wild rice yields markers for identifying agronomically important genes, Nature Biotechnology, 30(1) (2012), 105-111. (2011, IF= 23.268) 

  8.      Jiang Y, Li Y, Lee W, Xu X, Zhang Y, Zhao R, Zhang Y*, Wang W*, Venom gland transcriptomes of two elapid snakes (Bungarus multicinctus and Naja atra) and evolution of toxin genes, BMC Genomics, 12(1) (2011), 1-13. (2011, IF= 4.073) 

  9.      Zhan ZB, Ren J, Zhang Y, Zhao RP, Yang S, Wang W*, Evolution of alternative splicing in newly evolved genes of Drosophila, Gene, 470(1-2) (2011), 1-6. (2011, IF= 2.341) 

  10. Ding Y, Zhao L, Yang S, Jiang Y, Chen Y, Zhao RP, Zhang Y, Zhang GJ, Dong Y, Yu HJ, Zhou Q, Wang W*, A young Drosophila duplicate gene plays essential roles in spermatogenesis by regulating several Y-Linked male fertility genes, PLoS Genetics, 6(12) (2010), e1001255. (2010, IF= 9.543) 

  11. Li D, Dong Y, Jiang Y, Jiang HF, Cai J, Wang W*, A de novo originated gene depresses budding yeast mating pathway and is repressed by the protein encoded by its antisense strand, Cell Research, 20(4) (2010), 408-420. (2010, IF= 9.417) 

  12. Xiang H, Zhu JD, Chen Q, Dai FY, Li X, Li MW, Zhang HY, Zhang GJ, Li D, Dong Y, Zhao L, Lin Y, Cheng DJ, Yu J, Sun JF, Zhou XY, Ma KL, He YH, Zhao YX, Guo SC, Ye MZ, Guo GW, Li YR, Li RQ, Zhang XQ, Ma LJ, Kristiansen K, Guo QH, Jiang JH, Beck S, Xia QY, Wang W*, Wang J, Single base–resolution methylome of the silkworm reveals a sparse epigenomic map, Nature Biotechnology, 28(5) (2010), 516-520. (2010, IF= 31.090) 

  13. Li X, Zhao L, Jiang H, Wang W*, Short homologous sequences are strongly associated with the generation of chimeric RNAs in eukaryotes, Journal of Molecular Evolution, 68(1) (2009), 56-65. (2009, IF= 2.323) 

  14. Jiang H, Zhang Y, Sun J, Wang W*, Gu Z*, Differential selection on gene translation efficiency between the filamentous fungus Ashbya gossypii and yeasts, BMC Evolutionary Biology, 8 (2008), 343. (2008, IF= 4.050) 

  15. Zhou Q, Wang W*, On the origin and evolution of new genes a genomic and experimental perspective, Journal of Genetics and Genomics, 35(11) (2008), 639-648. (2008, IF= 0.358) 

  16. Zhou Q, Wang J, Huang L, Nie W, Wang JH, Liu Y, Zhao X, Yang F, Wang W*, Neo-sex chromosomes in the black muntjac recapitulate incipient evolution of mammalian sex chromosomes, Genome Biology, 9(6) (2008), r98. (2008, IF= 4.050) 

  17. Zhou Q, Zhang G, Zhang Y, Xu S, Zhao R, Li X, Ding Y, Wang W*, On the origin of new genes in Drosophila, Genome Research, 18(9) (2008), 1446-1455. (2008, IF= 10.176) 

  18. Jiang H, Guan W, Pinney D, Wang W*, Gu Z*, Relaxation of yeast mitochondrial functions after whole genome duplication, Genome Research, 18(9) (2008), 1466-1471. (2008, IF= 10.176) 

  19. Cai J, Zhao RP, Jiang HF, Wang W*, De novo origination of a new protein-coding gene in Sacchoramyces cerevisiae, Genetics, 179(1) (2008), 487-496, (2008, IF= 4.002) 

  20. Yang S, Arguello JR, Li X, Ding Y, Zhou Q, Chen Y, Zhang Y, Zhao R, Brunet F, Peng L, Long M*, Wang W*, Repetitive elements-mediated recombination as a mechanism for new gene origination in Drosophila, PLoS Genetics, 4(1) (2008), e3, (2008, IF= 8.883) 

  研究团队

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